Frédéric avait été éduqué par un juge musulman à Palerme. Il était un mécène des sciences et il gérait son État d'une manière radicalement nouvelle, d'où ses surnoms de « Stupeur du monde » et de "prodigieux transformateur des choses" (Matthew Paris).

Il indigna son époque en s'habillant parfois en tenue orientale. Il écrivit même qu'il enviait que les califes fussent à la fois dirigeants spirituels et terrestres. Il entretenait une grande cour, constituée entre autres de nombreuses jeunes filles (esclaves astreintes à des travaux de couture, servantes, danseuses), si bien que ses adversaires (le pape principalement) lui reprochaient d'entretenir un harem[11].

Il mit en place un système centralisé d'administration en Sicile et tenta de le généraliser (avec moins de succès) dans les États allemands, où il dut octroyer de plus en plus d'indépendance aux princes locaux au fur et à mesure que son conflit en Lombardie se détériorait.

Le tombeau de Frédéric II dans la cathédrale de Palerme, parmi les Hauteville.Les descendants de Frédéric, son fils légitime Conrad IV, le fils de ce dernier Conradin et son fils illégitime Manfred n'accédèrent pas à l'Empire. Le royaume de Sicile leur fut également enlevé par le pape, qui y installa Charles d'Anjou. Ce fut la fin de la Maison des Hohenstaufen de Souabe, qui laissa place aux Habsbourg et à l'essor des cités italiennes.

Toutefois la lignée se perpétua indirectement en Sicile, à travers les petits-fils de Manfred, enfants de sa fille Constance et de Pierre III d'Aragon, à savoir Jacques Ier de Sicile, puis son frère Frédéric II de Sicile et enfin les descendants de celui-ci, Pierre II, fils du précédent, Louis Ier, fils du précédent, Frédéric III, frère du précédent, Marie Ière, fille du précédent (Maison d'Aragon en