Magdalena Frida Carmen naît dans la « Maison bleue » (la « Casa azul »), actuel musée Frida Kahlo, au milieu d’un quartier où habite la petite bourgeoisie, Coyoacán, au sud de Mexico. C’est la troisième des quatre filles de Matilde et Guillermo Kahlo.

À l'âge de six ans, Frida est victime d'une poliomyélite. La conséquence est que sa jambe droite s’atrophie et son pied ne grandit plus. Il n'atteindra jamais la taille qu'il devrait avoir. C'est ce qui lui vaudra le surnom de « Frida la coja » (Frida la boiteuse) par ses camarades de classe. Il a été supposé qu'elle souffrait de spina bifida, une malformation congénitale de la colonne vertébrale, qui pourrait également avoir affecté le développement de la jambe5.

En 1922, alors âgée de 16 ans, elle quitte le cours supérieur du Colegio Alemán à Mexico et intègre la Escuela Nacional Preparatoria, considérée comme le meilleur établissement scolaire du Mexique. Frida Kahlo est l'une des trente-cinq premières filles admises sur un total de 2 000 élèves. Elle s'intéresse beaucoup aux sciences naturelles et souhaite alors devenir médecin. Malgré l’intérêt qu’elle porte aux beaux-arts, qu'elle doit à son père, excellent photographe et accessoirement peintre d'aquarelles, elle n’envisage pas de se lancer dans une carrière artistique.

Le 17 septembre 1925, Frida prend le bus pour rentrer chez elle après ses cours. Soudain, l’autobus sort de la route et percute un tramway. Plusieurs personnes trouvent la mort lors de l’accident. Frida, elle, est grièvement blessée. Son abdomen et sa cavité pelvienne sont transpercés par une barre de métal : ce traumatisme est responsable d'un syndrome d'Asherman, et sera la cause des fausses couches de Frida Kahlo. Il explique également le thème de nombre de ses œuvres6. Sa jambe droite subit un grand nombre de fractures, onze au total. Son pied droit est également cassé. Le bassin, les côtes et la colonne vertébrale sont eux aussi brisés. L'épaule n'est que démise. Elle reste alitée