Imagej

Pages: 7 (1750 mots) Publié le: 17 février 2012
Analyse et manipulation d'images numériques avec

Par : Gabriel Lapointe gabriellapointe.ca

Pourquoi traiter ses images?
1.Améliorer leurs apparences avant une publication ou une présentation. 2.Mettre en évidence des détails obscurs. 3.Faire des analyses quantitatives.

Les avantages d'ImageJ par rapport aux autres options disponibles


Logiciel dans le domaine public au codeouvert.


Donc, absence de licence coûteuse. Besoin de plus de mémoire pour vos analyses? Utilisez l'un des différents serveurs ESI de l'université. Macro (« Java simplifié » permet d'avoir accès aux différentes fonctions déjà incorporées dans ImageJ) Plugins (Interface permettant d'avoir accès à toute la puissance de java. Idéal pour ajouter de nouvelles fonctions à ImageJ)



Peutfonctionner sur tout système où l'on peut installer Java.




Supporte 2 types de langage de programmation




● ●

Mise à jour fréquente et facile à faire. Supporté par une communauté très active

Ressources


Site web officiel :


http://rsbweb.nih.gov/ij/index.html http://www.macbiophotonics.ca/imagej/ http://imagejdocu.tudor.lu/doku.phphttps://list.nih.gov/archives/imagej.html



Macbiophotonics :




Wiki :




Liste de diffusion :




Burger et Burge : Digital Image Processing, An Algorithmic
Introduction using Java; Springer Verlag, 2008


http://www.imagingbook.com/

Menus

L'interface principale
Ouvrir, sauvegarde, création d'image Modification et conversion, opération géométrique Statistiques, Mesures, graphique Gestion desfenêtres

Montage, outils de dessin

Filtres et opérations mathématiques

Accès aux plugins

Raccourcis au site web, information et mise à jour

Les Menus (Edit)

Mémoire maximum ●Windows 32-bit: le nombre le plus petit, 75% du total ou 1.4 Gbit ●Windows 64-bit: 75% du total ●Mac OSX 32-bit: le nombre le plus petit, 75% du total ou 1.8 Gbit ●Linux 32-bit: 3 Gbit ●Linux 64-bit:illimité

Les Menus (Image)

Les Menus (Process)

Les Menus (Analyze)

Les Menus (Plugins)

Les Menus (Help)

Images

Plage dynamique (Dynamic range)
Binaire: Fax, Masque
2 (2¹) niveaux de gris 4 (2²) niveaux de gris 8 (2³) niveaux de gris 16 32 64 128 256 (2⁸) niveaux de gris

8-bit: Caméra numérique, Écran d'ordinateur... ...

12 et 16-bit: Caméra CCD, PMT... 32-bit: imagesdéconvoluées...

4 096 (2¹²) niveaux de gris

...
65 536 (2¹⁶) niveaux de gris

...
4 294 967 296 (2³²) niveaux de gris

Type d'image dans ImageJ


8-bit


Les images binaires sont considérées comme des images 8-bit avec seulement 2 valeurs de 0 (noir) et 255 (blanc)



16-bit 32-bit 8-bit Color






Images en noir et blanc auxquelles on a appliqué une colorisationartificielle (Lookup Table) Images couleur standard Images dont les couleurs ont été séparées dans leurs composantes rouge, verte et bleu dans un Stack. Images dont les couleurs ont été séparées dans leurs composantes Hue, Saturation et Brillance.



RGB Color




RGB Stack




HSB Stack


Informations sur l'image

Histogramme
Analyze > Histogram

LinéaireReprésentation de la répartition de l'intensité lumineuse d'une image où l'on porte en abscisse le numéro des niveaux de gris et en ordonnée pour chaque niveau le nombre de pixels ayant l'intensité correspondante à ce niveau.

Logarithmique

Interprétation de l'histogramme
Sous-exposé Normal Sur-exposé Diminution de la plage dynamique

Ajustement de la luminosité et du contraste
Image > Adjust >Brightness/Contrast...


Permet d'ajuster la valeur maximum et minimum des pixels et de modifier la brillance et le contraste d'une image. Fonctionne sur tous les types d'images.




Par contre, pour les images RGB, Color Balance permet de contrôler chaque couleur individuellement Sauf si l'on appuie sur Apply (pour les images 8-bit et couleurs seulement)



Ne modifie pas la...
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