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Fondé en 1955, le club fusionne avec le club de football de Mercurey en 1970. Après trois montées successives au milieu des années 1970, l'Élan chalonnais connaît la Nationale 2 dans la deuxième moitié des années 1970 et au tout début des années 1980. Après être retombé au plus bas du niveau national à la fin des années 1980, le club remonte de Nationale 4 en Nationale 2 en deux ans (de 1988 à 1990) puis patiente quatre ans pour accéder en Pro B (de 1990 à 1994). Arrivé dans le monde professionnel du basket français, l'Élan Chalon rejoint ensuite la Pro A en 1996, division dans laquelle le club évolue toujours.
Les meilleurs résultats du club sont une deuxième place de la Coupe Saporta en 2001, deux troisièmes places en Pro A (2004 et 2007) et des titres de champions de France de Nationale 4 (1989), Nationale 3 (1978) et Nationale 2 (1994). L'Élan Chalon est depuis 1994 structuré pour l'équipe professionnelle en Société d'économie mixte (SEM). Son président depuis 1993 est Dominique Juillot qui remplace Gabriel Bernard, président de 1970 à