Jean Louis Aubert réalise à partir de 1989 un travail plus personnel et explore le monde de la musique. L'album Bleu Blanc Vert démarre véritablement sa carrière solo, avec une approche musicale s'éloignant de plus en plus de Telephone. Cet album couvre des succès tels que Voilà c'est fini ou encore Sid'Aventure. L'album se révèle sous les couleurs de l'écologie, et d'un ton plus intimiste.

Le 11 juin 1993 sort l'album "H". Album introspectif, comprenant le succès Temps à nouveau / A l'eau est enregistré dans des studios itinérants (dont l’Hôpital Éphémère, fameux squat d’artistes parisiens à cette époque) pendant la première guerre du Golfe, avec la participation de Paul Personne et Princesse Erika. H propose les interrogations de son auteur sur l'absurdité de la condition humaine. Il servira de base à l’une des plus grosses tournées d’Aubert, dont sera tirée le live Une page de tournée en 1994.

En 1997, Jean-Louis Aubert sort son 3ème album solo, Stockholm, qui restera un album surprenant, aux influences multiples et aux sonorités variées, en témoigne le nombre de producteurs et de studios d'enregistrement ou de mixage mis à contribution. L'histoire veut que Jean-Louis se soit fait dérober le sac contenant tous ses textes et ses compositions et qu'à la suite de ce « léger incident », il soit parti pour Stockholm afin d'y composer cet album sur le vif, somme de ses souvenirs d'écriture et de ses inspirations du moment. Il en résulte un album certes inégal, véritable mosaïque de styles, mais qui pris dans son ensemble, parvient à dégager une âme et à se créer une identité.

L'année suivante, Jean-Louis Aubert sort son premier album « live », Concert Privé, avec la complicité de plusieurs artistes tels les « Nubians ».

En 2001, avec quelques rides apparentes, Jean-Louis Aubert sort l'album Comme un Accord, succès incontesté de sa carrière. Cet album, riche de mélodies accrocheuses, mélange pop et rock, offre une large gamme des inspirations et des idées