À la fin de la Guerre de Sécession à laquelle il participe, John Pemberton est pharmacien à Columbus (Géorgie) et possède un petit laboratoire. En 1870 il s’installe à Atlanta, le marché étant plus important que celui de Columbus. Ses débuts dans la capitale de la Géorgie sont flamboyants au point qu’il crée la J.-S. Pemberton & Company en 1879.
La première recette ancêtre du Coca-Cola, le French Wine Coca, est inventée par John Pemberton en 1885. C’est une boisson alcoolisée à base de coca, de noix de kola et de damiana, Pemberton se serait inspiré de la recette du vin Mariani, un mélange de vin de Bordeaux et de feuille de coca créé par le chimiste français Angelo Mariani en 1863. Le premier verre de cette nouvelle boisson sera servit le 8 mai 1886, dans la Pharmacie de Pemberton. La vente du French Wine Coca se poursuivra jusqu’à la mort de Pemberton en 1888.
Le 25 novembre 1885, le maire d’Atlanta organise un référendum sur la question de l’interdiction de l’alcool dans la ville. Atlanta devient une ville « sèche » pour une période d’essai de deux ans durant lesquels la vente d’alcool est interdite. Ainsi, l’enjeu pour la jeune compagnie sera d’offrir une boisson sans alcool, tranchant avec les orangeades et procurant les effets du bourbon. Pemberton va développer une version sans alcool de sa boisson, mais toujours avec la coca, son principal ingrédient actif, qui subsistera dans la recette jusqu’à la fin du 19esiècle.
Pemberton s’associe à Frank Robinson, un comptable de formation et surtout, un homme ambitieux. Il le rencontre en présence de son associé Ed Holland en 1885. De cette association, naît officiellement la marque Coca-Cola, et la Pemberton Chemical Company. Frank Robinson est, pour certains, l’initiateur de la création du nom de la nouvelle boisson, de la calligraphie spencerienne de son logo et l’initiateur d’un recours massif à la publicité.
Le 6 juin 1887, Pemberton fait inscrire au registre du commerce la marque Coca-Cola, ce qui fait de lui