La Nuit des temps était à l'origine un scénario destiné à un film d'André Cayatte, envisagé comme une superproduction à l'américaine, avec les moyens nécessaires pour donner vie à un scénario qui relevait de la science-fiction avec effets spéciaux (dont des maquettes). Malheureusement, en 1965, la production française, pourtant coutumière des coproductions coûteuses, se refusait à toutes formes de projets de science-fiction. Le producteur se désista et Cayatte jeta l'éponge1.
Barjavel resta donc avec ce scénario sur les bras. Il ne pouvait, faute de financement, être pour Cayatte ce qu'avait été par exemple Arthur C. Clarke pour Stanley Kubrick. Il décida de novelliser le scénario abandonné, renouant ainsi avec la littérature après des années de découragement : en effet, à l'époque, Barjavel connaissait une traversée du désert.
La Nuit des temps est considéré aujourd'hui comme une réussite du genre, du niveau de ce que l'on était en droit d'attendre d'un des pères de la SF française, mais d'une facture toute différente de celle de ses romans d'anticipations précédents : ici, le récit est beaucoup plus contemporain et très ancré dans l'esprit des années 1960.
Barjavel puise ses matériaux dans diverses sources documentaires et littéraires, à commencer par un ouvrage curieux, un succès de librairie des années 1950 : Les Grands Bouleversements Terrestres d'Immanuel Velikovsky, pour la partie expliquant le changement d'axe de la Terre. Par ailleurs, il s'inspire de la légende de Tristan et Iseut, ceux que la mort même ne peut séparer, mais également du thème de La Belle au bois dormant. Le nom de la civilisation, "Gondawa" évoque le super-continent Gondwana, bien connu des géographes. Mais il reprend aussi, en les modernisant, plusieurs grands thèmes classiques de la SF comme celui d'une civilisation disparue plus avancée que la nôtre (l'Atlantide, les Hyperboréens), la guerre totale, la télépathie, les sources d'énergie infinie, etc. L'idée d'une civilisation