A partir de 1792, avant la dissolution de la Constituante, le mouvement anticlérical s'intensifie. Le 26 août 1792, la législative vote le décret de « déportation » frappant tous les prêtres réfractaires : tout insermenté dénoncé par vingt citoyens d'un canton est expulsé de France. Le décret provoque une véritable chasse aux prêtres : trente mille quittent le pays. Ces persécution se transforment rapidement en massacres : du 2 au 4 septembre ont lieu les « massacres de septembre » des détenus de l'abbaye des Cormes à la prison de la Force qui font près de mille victimes. La proclamation de la république et la formation de la Convention en septembre 1792 accélèrent le processus d'extermination des prêtres : en octobre 1792 ; le décret du 30 vendémiaire envoie les prêtres qui ont refusé le bannissement à l'échafaud. Les prêtres sont ensuite incités à abdiquer leur sacerdoce et à se marier. Beaucoup refusent, ceux qui sont arrêtés, qu'ils soient réfractaires ou constitutionnels, sont livrés au Tribunal révolutionnaire et exécutés en août 1794.
La question des relations avec l'Eglise est centrale.
Les mesures à l'encontre de l'Eglise sont à l'origine du mécontentement des campagnes et de son opposition à la révolution.
Les campagnes sont les lieux d'affrontements entre historiens catholiques et anticléricaux. Mais c'est une superposition anachronique : c'est l'occasion de parler du présent. Depuis quelques années, on remarque une baisse des passions chez les historiens, on replace la question dans un espace plus large en 1790, l’adoption de la Constitution civile du Clergé par l’Assemblée constituante fait perdre à l’Eglise son autonomie comme institution et suscite des inquiétudes. Assigner aux diocèses les limites des départements, nouvelles circonscriptions territoriales, contredit de fait les fondements immémoriaux de la légitimité du pouvoir de l’Eglise, et remet en cause ses rapports avec la puissance politique. De plus, l’Eglise ne peut plus nommer ses