Jo-Wilfried Tsonga débute sa saison 20089 avec le tournoi d'Adélaïde où il bat Lleyton Hewitt (6-4 6-2) avant de s'incliner en demi-finale face à Jarkko Nieminen.
Lors de l'Open d'Australie, il fait sensation en éliminant au premier tour Andy Murray (7-5, 6-4, 0-6, 7-65), tête de série no 9. Il continue son parcours jusqu'en finale en écartant successivement Sam Warburg (6-4, 7-64, 6-2), Guillermo García-López (6-3, 6-4, 6-2), Richard Gasquet (no 8) (6-2, 65-7, 7-66, 6-3), Mikhail Youzhny no 14 (7-5, 6-0, 7-66) avant la demi-finale où il bat sèchement, et à la surprise générale, Rafael Nadal no 2 mondial en un peu moins de 2 heures sur le score de 6-2, 6-3, 6-25. Nadal déclara avoir eu le sentiment de lutter contre une « avalanche qu'il ne pouvait pas arrêter10 ». Il perd cependant la finale (4-6, 6-4, 6-3, 7-62), face au no 3 mondial, le Serbe Novak Djokovic. Son classement ATP passe alors de la 38e à la 18e place mondiale.
Il obtient, dans la foulée, sa première sélection victorieuse en équipe de France pour le premier tour de la Coupe Davis face à la Roumanie11.
Cependant, la semaine suivante, à l'Open 13 de Marseille, Tsonga se fait éliminer dès le premier tour par Mario Ančić en deux sets (5-7, 6-7). Lors du Masters d'Indian Wells, il est cette fois battu en huitième de finale par Rafael Nadal en trois sets (7-63, 64-7, 5-7). Une semaine plus tard, au Masters de Miami, il perd au deuxième tour contre son compatriote Julien Benneteau (3-6, 3-6). Blessé au ménisque du genou droit12, Tsonga arrête de jouer pendant plus d'un mois et fait son retour pour le Masters de Rome où il se fait éliminer dès le premier tour par Gilles Simon en trois sets (6-2, 4-6, 7-66). Une semaine plus tard, Tsonga échoue au second tour du Masters d'Hambourg, battu par le Suédois Robin Söderling en deux sets (6-2, 7-5). Tsonga réalise ensuite un beau parcours lors du tournoi de Casablanca, mais déclare forfait avant la demi-finale et annonce sa prochaine opération du genou, le