Le commerce équitable prend forme petit à petit au XXe siècle aux Etats-Unis avec le mouvement religieux protestant des mennonite (secte anabaptiste où le baptême n'est conféré qu'aux adultes fondée au XVIème siècle). En effet, c'est en 1946 que le Mennonite International Development Agency, maintenant appelé Comité Central Mennonite, fonda le premier projet d'achat direct auprès d'artisans pauvres d'Amérique latine.
A la fin des années quarante, Ten Thousand Villages et SERRV poursuivent dans ce sens et commencent à faire du commerce avec les communautés pauvres des pays du Sud. Elles sont elles aussi issues d’églises protestantes évangéliques, pacifistes et non violentes. Globalement, ces précurseurs du commerce équitable ont une origine chrétienne. D’une part, les membres des églises ont été sensibilisés aux problèmes des pays du Sud, par le biais des missions. D’autre part, les églises sont elles mêmes des réseaux dans lesquels il est facile de distribuer les produits en provenance de ces pays.

En Europe, un première action de ce nouveau commerce a lieu en 1950 par l'intermédiaire d'Oxfam (une association de solidarité internationale qui agit sur les causes de la pauvreté et des injustices) qui commença à organiser la vente d'artisanat fabriqué par des réfugiés chinois dans des magasins en Grande-Bretagne. Peu de temps plus tard, un groupe de militants néerlandais commença à importer directement des sculptures en bois haïtiens afin d'aider les artisans à devenir économiquement autonomes.

En 1969, les premières boutiques alternatives d’artisanat, issues du commerce équitable, ont vu le jour aux Pays-Bas. Ce fut le début d’une série de « Magasins du Monde ». Les marchandises qu’on y trouvait provenaient directement des producteurs du Sud.
Au cours des années 1980, les activités de commercialisation ont gagné en importance.

Le commerce équitable s’est développé sous trois types d’influences, qui se sont succédées dans le temps :
Il y a eu, au