Autrefois simple supplément du quotidien, le « Diplo » a acquis progressivement son autonomie. Suite à l'accession à la direction du Monde de Jean-Marie Colombani, il en devient en 1996 une filiale à hauteur de 51 %5.

Le reste du capital est détenu par l'association des Amis du Monde diplomatique représentant les lecteurs (24,5 %), et par l'équipe rédactionnelle du journal (24,5 %) regroupée au sein de l'Association Günter-Holzmann, du nom d'un généreux donateur qui permit le lancement de cette opération. Ensemble, ces parts sont supérieures à la minorité de blocage (33,34 %) et confèrent au journal une relative indépendance politique vis-à-vis du groupe Le Monde. Par exemple, le directeur de la publication n'est éligible que sur proposition des personnels du journal.

Bien que l'indépendance économique du Monde diplomatique vis-à-vis du groupe Le Monde soit limitée, la ligne éditoriale du journal est devenue largement autonome de celle du quotidien depuis l'arrivée de Claude Julien à la direction de la rédaction en 1973. Par ailleurs, le « Diplo » affirme préserver sa ligne éditoriale vis-à-vis des pressions des annonceurs en limitant la part de ses revenus générée par la publicité. De fait, la part de revenu provenant de la publicité est limitée à 5 %, chiffre largement inférieur à la moyenne de la presse française, qui tire entre 40 et 50 % de son chiffre d’affaires de la publicité6.

Une équipe de neuf journalistes permanents (en 2006) assure la rédaction d'une petite partie des articles, la majorité étant écrite par des journalistes indépendants ou des intellectuels (universitaires, écrivains) d'origines et de nationalités variées.

À partir de 1989, l'impression sur les nouvelles rotatives du Monde à Ivry et le passage au format berlinois ont permis d'introduire la couleur. À l'initiative de Claude Julien, le mensuel a dès lors illustré ses articles de reproductions d'œuvres d'art contemporaines, longtemps choisies par Solange Brand. Depuis juillet