Il écrit entre 1871 et 1893 sa vaste fresque Les Rougon-Macquart, qui, poursuivant d'une certaine manière la Comédie Humaine de Balzac, s'efforce de reconstituer la société du Second Empire
(1851-1870). Il est connu également pour ses engagements politiques, notamment lors de l'Affaire
Dreyfus (article « J'accuse » publié dans le journal L'Aurore le 13 janvier 1898).Zola fréquente régulièrement Gustave Flaubert, Guy de Maupassant et les frères Goncourt, grands romanciers du
Naturalisme
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Tous estiment que Balzac est le précurseur du roman moderne. Zola lui-même a . consacré un essai admiratif à Balzac dans un essai Les Romanciers Naturalistes et il considère l'auteur de la Comédie humaine comme le génie du XIXème siècle.
Le roman Nana, publié en 1880, est le neuvième tome de la série des Rougo-Macquart, qui en compte vingt. Nana, qui est la fille de Gervaise Coupeau, la Blanchisseuse de L'Assommoir, est une jeune comédienne et courtisane. Elle fréquente les hauts personnages du Second Empire, notamment le Comte de Muffat, avec qui elle a une longue liaison. Alors qu'elle vient de rompre avec lui, pour mener une vie plus rangée, elle contracte la variole, une maladie défigurante. Elle meurt dans une chambre du Grand-Hôtel, dans le quartier des Grands Boulevards, lors de la déclaration de guerre de la France contre la Prusse de Bismarck ( 19 Juillet 1870), suscitant de forts sentiments patriotiques et l'enthousiasme de la foule. Ce récit est visiblement inspiré de la mort de
Valérie Marneffe (ou Valérie Crevel) dans La Cousine Bette de Balzac