Le mouvement des Lumières a été, en grande partie, un prolongement des découvertes de Nicolas Copernic au xvie siècle, peu diffusées de son vivant, puis surtout des théories de Galileo Galilei (1564-1642). Une quête d’axiomes, de certitudes éprouvées, se poursuivit dans le mouvement du cartésianisme tout au long du xviie siècle[réf. nécessaire].

Gottfried Wilhelm von Leibniz (1646-1716) développa les mathématiques et le calcul infinitésimal. Sa philosophie des monades se démarquait également de celle de René Descartes. Les philosophes britanniques, comme Thomas Hobbes et David Hume, adoptèrent une démarche empirique, mettant l’accent sur les sens et l’expérience dans l’acquisition des connaissances, au détriment de la raison pure.

Baruch Spinoza prit parti pour Descartes, surtout dans son Éthique2. Il se démarqua pourtant de son aîné dans son Traité de la réforme de l'entendement (Tractatus intellectus amendatione), où il montra que le processus de perception engage non seulement la raison, mais aussi les sens et l’intuition. La conception de Spinoza était centrée sur une vision de l’Univers où Dieu et la Nature ne font qu’un. Cette idée deviendra centrale au siècle des Lumières3, depuis Isaac Newton (1642-1727) jusqu’à Thomas Jefferson (1743-1826).

Un changement notable fut l’émergence de la philosophie naturaliste à travers toute l’Europe, incarnée par Isaac Newton. Ses idées, sa réussite indéniable à confronter et assembler les preuves axiomatiques et les observations physiques en un système cohérent, source de prédictions, donnèrent le ton de tout ce qui allait suivre son exemplaire Philosophiae Naturalis Principia Mathematica (1687). Pour montrer le progrès entre l’Âge de la Raison et le mouvement des Lumières, l’exemple de Newton reste en effet indépassable, en ce que le scientifique utilisa des faits observés empiriquement, comme la dynamique des planètes de Johannes Kepler ou l’optique, pour construire une théorie sous-jacente expliquant ces faits