-La définition même du concept de compétences, qui varie significativement selon les auteurs. Les tentatives de définition sont pourtant nombreuses, mais se heurtent souvent à un manque d’orientation opérationnelle, ou plus simplement au sens courant du terme compétences.

- Un concept de base s’appuyant tantôt sur l’individu et sa responsabilité, tantôt sur des dimensions collectives, souvent normatives et réductrices et qui entretient la difficulté d’une démarche simple et opérationnelle.

- La difficile relation entre compétences et performances, dans la mesure où le développement des compétences n’a réellement de sens que s’il se traduit par des actions, donc par des performances de meilleure qualité. Or cette relation est souvent peu claire, incertaine, voire contre-productive lorsque la démarche est trop complexe.

- La difficulté à considérer les collaborateurs comme des sources de d’efficience et de richesse, plutôt que comme une ressource coûteuse. Cette tendance a été renforcée par la crise et par les solutions fréquentes de pression sur les collaborateurs plus que de stimulation de l’«intelligence » et de l’expérimentation pour atteindre des performances supérieures. Dans ce contexte, gestion des compétences et développement de l’organisation peuvent se révéler étroitement liés et constituer une difficulté supplémentaire.

- Plus généralement, la difficulté à intégrer la gestion des compétences dans l’ensemble de la stratégie de l’entreprise. Il s’agit notamment de mettre en relation la stratégie même de la performance, les compétences nécessaires pour répondre aux exigences de cette stratégie, la gestion de la performance et la récompense de la