Le logiciel RasTop est utilisé pour visualiser dans les trois dimensions la structure de la protéines. L'image ci dessous est donnée à titre indicatif. Les Etudiants seront amenés à monter leurs propres images illustrant une ou plusieurs information sur la molécules qu'ils ont choisit d'étudier.
1/ Le fichier du travail porte la référence 1A3N(http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1A3N)montrant l'hémoglobine sous son état déoxygéné. Une copie est disponible sur votre CD (dans le répertoire Protéines DATA (CD)). Une fois le fichier (format pdb) est téléchargé de la banque de données placée sur le réseau internet et ouvert par RasTop, il donne une image semblable à celle de la figure 1 ci contre.

Figure 1
Pour tourner la molecules dans tous les sens, maintenez enfoncé le bouton gauche de de la souiris tout en la glissant dans un sens ou l'autre.
Pour effectuer un zoom, maintenir enfoncée la touche shift (Î) tout en déplaçant la souris sur la position bouton gauche enfoncé.
2/ Pour transformer le fond de l'image du noir au blanc, activer la palette des couleurs et choisir dedans 'background' et clic sur la couleur blanche. Sinon, saisissez dans la boite des commandes de RasTop (Edit --> Command) (voir explications) "set background white" et valider par le bouton 'OK' (Figure 2).

Figure 2

Si vous voulez sauvegarder cette image (format BMP) sur le disque dur de votre ordinateur (avec un nom hemoglobine2.gif), choisir 'file' --> 'export' --> 'image', choisir le répertoire de stockage, donner un nom (ex:hemoglobine2) et valider.
Pour avoir des informations sur la molecule, selectionner le 7e.bouton de la deuxième rangée de la fenêtre RasTop. Sinon saisir 'show information' ou 'show sequence' dans la boite des commandes. Vous constater que les chaînes alpha sont nommées A et C. Les chaînes béta sont B et D. Pour rappel l'hémoglobine est une structure alpha2-béta2.
3/ Pour rendre plus visibles les 4 chaînes polypeptidiques de