Malcolm Little est le fils de Earl Little et de Louise Little (née Louisa Norton). Il vécut une courte période au 3448, Pinkney Street dans les quartiers nord d'Omaha. Le père de Malcolm est un prêcheur baptiste convaincu, fervent soutien de Marcus Garvey et charpentier. Celui-ci prône alors le retour des afro-américain en Afrique (Liberia), refusant l'intégration à la société américaine, ce qui a très largement marqué les vues politiques de Malcolm sur ce sujet. Earl Little est également membre de l'Association universelle d'amélioration de la condition des Noirs (Universal Negro Improvement Association, UNIA). Malcolm, dans son Autobiography of Malcolm X as told to Alex Haley, a décrit son père comme un imposant homme noir borgne (mais portant un œil de verre). Quatre de ses oncles furent tués par des Blancs, dont un lynché.
Earl Little, né en Géorgie, avait déjà trois enfants (Ella, Mary et Earl Jr.) d'un premier lit. De son mariage avec Louise Norton, il eu sept enfants, Malcolm étant le quatrième. Leur nom était, par ordre de naissance : Wilfred, Hilda, Philbert, Malcolm, Reginald, Yvonne et Wesley12.
Louise Norton née à la Grenade aux Antilles, d'un père d'origine écossaise [réf. souhaitée], et qui, selon Malcolm, ressemblait plutôt à une femme blanche. Elle épousa Earl Little, entre autres, parce qu'il avait le teint très noir. Elle haïssait son teint clair, son sang blanc, et voulait des enfants beaucoup plus noirs. Son grand-père était un homme blanc dont Malcolm ne savait rien, si ce n'est ce qu'il décrivait comme « la honte de ma mère ». C'est de lui que Malcolm tenait son teint relativement clair. Il pensa d'abord, qu'être métissé était une chance, un « symbole de statut social ». Plus tard, il dira qu'il « haïssait chaque goutte de ce sang de violeur » en lui. Étant celui des enfants qui avaient le teint le plus clair, il pensa que son père le favorisait, mais sa mère en fut d'autant plus dure avec lui, pour cette même raison. L'un de ses surnoms, «