Marguerite Antoinette Jeanne Marie Ghislaine Cleenewerck de Crayencour est née dans une maison de l'avenue Louise, à Bruxelles, d'un père originaire de la Flandre française et lié a l'aristocratie, Michel Cleenewerck de Crayencour, et d'une mère belge, Fernande de Cartier de Marchienne. Sa mère meurt dix jours après sa naissance, Marguerite Cleenewerck de Crayencour est élevée chez sa grand-mère paternelle (dont elle fait, dans Archives du Nord, un portrait à l'acide) par son père, anti-conformiste et grand voyageur. Elle passe ses hivers à Lille et ses étés, jusqu'à la Grande Guerre, dans la propriété familiale située au Mont Noir sur la commune de Saint-Jans-Cappel (Nord). Elle valide la première partie de son baccalauréat à Nice, sans avoir fréquenté l'école. Son premier poème dialogué, Le Jardin des chimères, est publié à compte d'auteur en 1921 et signé Yourcenar, une quasi anagramme de Crayencour.

Elle accompagne son père dans ses voyages : Londres pendant la Première Guerre mondiale, le sud de la France, la Suisse, l'Italie où elle découvre avec lui la Villa Adriana à Tivoli. Elle l'observe, assiste à ses amours (Alexandre, Gabriel, Flavio et Pierre) dont elle fera la trame de Quoi ? L'éternité.

En 1929, elle publie son premier roman, inspiré d'André Gide[2], d'un style précis, froid et classique : Alexis ou Le traité du vain combat. Il s'agit d'une longue lettre dans laquelle un homme, musicien renommé, confie à son épouse son homosexualité et sa décision de la quitter dans un souci de vérité et de franchise. La « Monique » du texte n'est autre que le grand amour du père de Yourcenar, Jeanne de Vietinghoff (née Bricou), par ailleurs ancienne condisciple de sa mère.

Après le décès de son père, en 1929 (après qu'il eut lu le premier roman de sa fille), Marguerite Yourcenar mène une vie bohème entre Paris, Lausanne, Athènes, les îles grecques, Istanbul, Bruxelles... Elle aime des femmes et tombe amoureuse d'un homme pourtant homosexuel, André