Mark Haddon est né le 26 septembre 1962 à Northampton et a fait ses études à Uppingham School, puis à Merton College (Oxford), où il a étudié l'anglais.
En 2003, Haddon a remporté le Prix Whitbread du meilleur roman et le Commonwealth Writers' Prize (Overall Best First Book) pour son roman Le bizarre incident du chien pendant la nuit, dont la narration est écrite sous la perspective d'un garçon atteint du syndrome d'Asperger. La connaissance de l'autisme que démontre Haddon vient du fait qu'il a déjà travaillé avec des gens autistes. Dans une entrevue accordée à Powells.com, l'auteur disait qu'il s'agit du premier livre qu'il a intentionnellement écrit pour un public adulte ; il a été surpris quand la maison d'édition lui a suggéré de le publier à la fois pour les adultes et pour les enfants. Son deuxième roman pour adulte, Une situation légèrement délicate, a été publié en français en 2007.
Mark Haddon est aussi connu pour sa série de livres pour enfants Agent Z, dont l'un d'eux, Agent Z and the Penguin from Mars, a été adapté pour la télévision par BBC. Il a aussi écrit le scénario pour l'adaptation télévisée (BBC) de Fungus the Bogeyman, par Raymond Briggs, qui a été mise à l'antenne en 2004. En 2007, il a aussi écrit le drame télévisé Coming Down the Mountain pour la BBC.
Mark Haddon est végétarien et athée. Dans une interview dans The Observer le 11 avril 2004, il a dit « je suis un athée façonné dans un moule très religieux ». Cet athéisme est apparent dans Le bizarre incident du chien pendant la nuit, où le narrateur affirme que ceux qui croient en Dieu sont stupides.
Mark Haddon habite à Oxford et est marié avec le Dr. Sos Eltis, qui est membre du Brasenose College