C'est un Partisan de la Révolution française et il fut apprécié pour ses talents d'orateur, le 4 avril 1789 il fut élu député du tiers état du bailliage de Douai aux États généraux comme représentant du tiers état. Il joua un rôle actif dans cette assemblée, surtout comme auteur du rapport sur le régime féodal. Le principe de l'abolition de ce régime était proclamé, mais Merlin devait poursuivre et rédiger les mesures particulières visant chaque province. Il présenta également la législation nouvelle sur la chasse, fit rendre divers décrets sur le droit de triage, sur la féodalité censuelle, sur la vente des biens nationaux aux particuliers. Il fut membre du comité de constitution et du comité d'aliénation des biens nationaux, et prit l'initiative de proposer l'application du principe d'égalité aux lois qui régissent la famille. Il fit voter l'abolition du droit d'aînesse et de masculinité, consacrer le partage égal entre les héritiers du même degré, et admettre la représentation à l'infini en ligne directe et jusqu'aux neveux inclusivement en ligne collatérale ; il provoqua la destruction des privilèges appelés droits de bourgeoisie et d'habitation qui, permettant aux cohéritiers de garder certaines terres, au plus proche parent d'en revendiquer ou d'en racheter d'autres ce qui paralysaient le mouvement des propriétés. Merlin s'attachait à répandre les théories nouvelles, à en expliquer les points délicats, à en démontrer les avantages. En politique, il se montrait plus timide. Attaché au système de la monarchie constitutionnelle, il repoussa toutes les mesures extrêmes proposées par les plus ardents réformateurs dans les discussions qui suivirent la fuite de Varennes le 4 septembre 1791 il fut élu président d'un des tribunaux d'arrondissements de Paris et du tribunal criminel du Nord, Merlin opta, pour ce dernier emploi, et l'occupa jusqu'en septembre 1792. Rentré dans la vie privée depuis le 17 juin 1799, il fut étranger au coup d'État du 9 novembre et se vit