L'enseignement de la microbiologie générale présente une double finalité:

- sur le plan de la formation scientifique, Il contribue au développement de l'esprit d'analyse ainsi qu'à l'acquisition de la rigueur scientifique et de la réflexion critique.

- sur le plan des connaissances, il participe à la compréhension des méthodologies spécifiques et à l'acquisition de l'outil scientifique de base nécessaire à l'analyse objective et raisonnée de nombreux phénomènes, situations ou choix se présentant dans la vie quotidienne.

Les mécanismes du pouvoir pathogène, la physiopathologie des infections, la connaissance des agents antimicrobiens, de la génétique microbienne, celle des virus humains, sont, au-delà de leurs applications immédiates et didactiques, des éléments de culture générale qu'il est utile de s'approprier à un niveau suffisant.

Sans viser à l'exhaustivité, ce programme s'efforce donc de couvrir les diversités morphologiques et fonctionnelles des micro-organismes; tout en situant leurs activités dan le cadre d'applications industrielles ou médicales et leurs rôles écologiques.

Tout en constituant un domaine spécifique de connaissance et de savoir-faire, l'enseignement de la microbiologie générale recoupe et prolonge ceux de la biochimie et de la biologie humaine. Il concourt, à ce titre, à une approche intégratrice et pluridisciplinaire de la biologie moderne.Les 9 divisions du programme de microbiologie générale de la classe de terminale peuvent être regroupées, selon une logique programmée de concepts, autour de 4 pôles:

- les études structurales et ultrastructurales

- la physiologie microbienne

- la génétique microbienne

- les relations et interactions des micro-organismes avec le milieu environnant.

Chacun de ces ensembles comprend la mise en relation des concepts explicités avec leurs applications industrielles et/ou médicales. L'étude des données morphologiques peut être considérée comme préalable pour deux raisons