La fin des guerres puniques voit une augmentation de la piraterie en Méditerranée occidentale. La présence romaine en Hispanie marque une croissance du commerce maritime entre les péninsules Ibérique et italique. Les pirates tirent profit de l'emplacement stratégique des îles Baléares pour piller les commerçants romains, en utilisant Minorque et Majorque comme bases. En réaction, les Romains envoient l'armée afin de mettre un terme à ces activités. En 121 avant J.-C., les deux îles sont entièrement romaines et sont par la suite incorporées à l'Hispanie citérieure. En 13 avant J.-C., Auguste réorganise la structure provinciale de l'Empire et les îles Baléares sont rattachées à la Tarraconaise.

La communauté juive de l'île est convertie par l'évêque Severus en 418. Après la conquête maure de l'Hispanie, Minorque a été annexée par le califat de Cordoue en 903, qui la baptise de son nom arabisé, Manûrqa. En 1231, après la conquête de Majorque par les chrétiens, Minorque reste un État musulman indépendant, quoique tributaire au roi Jacques Ierd'Aragon. L'île est d'abord gouvernée par Abû 'Uthmân Sa'îd ibn Hakam al Qurashi (1234-1282), puis après sa mort par son fils, Abû 'Umar ibn Sa'îd (1282 - 1287) d'Abû'Umar. Une invasion aragonaise, menée par Alphonse III intervient le 17 janvier 1287, date désormais célébrée comme jour national à Minorque. La plupart des habitants musulmans de l'île sont asservis et vendus sur les marchés aux esclaves d'Ibiza, de Valence et de Barcelone. Jusqu'en 1344, l'île appartient au royaume de Majorque, membre de la Couronne d'Aragon, puis est annexée par le royaume d'Aragon, lui-même intégré plus tard au royaume unifié d'Espagne. Au cours du xvie siècle, les attaques navales turques, qui détruisent Mahón et la capitale Ciutadella provoquent la quasi-disparition de la population de