1. L'hypocondrie
• C'est le nom savant que l'on donne à la maladie imaginaire. L'hypocondrie correspond à un état d'anxiété particulier d'une personne toujours préoccupée par sa santé et craignant perpétuellement d'être malade. Argan représente le type même de l'hypocondriaque qui se sent menacé par la maladie ou même par la mort : « Je ne m'étonne pas si je ne me porte pas si bien ce mois-ci que l'autre » (acte I, scène 1) ou « Ah ! mon Dieu, ils me laisseront ici mourir » (même scène). Argan est un angoissé qui projette toutes ses angoisses dans la maladie.
2. La médecine
• Au temps de Molière, la médecine n'est pas très évoluée. On soigne toutes les maladies de la même façon, par des saignées, des purges et des clystères, procédés tous très présents dans le Malade imaginaire. Les médecins ont mauvaise réputation et, en se moquant d'eux, Molière sait qu'il va faire rire son public facilement. Il reprend le même thème dans le Médecin malgré lui et y fait allusion dans Dom Juan et dansMonsieur de Pourceaugnac.
• Les personnages de médecins (Monsieur Purgon et les deux Diafoirus), comme celui de l'apothicaire, sont ridiculisés par les faux médecins (Toinette déguisée ou même Argan à qui, à la fin de la pièce, on remet l'habit de docteur). Dans l'ensemble, la médecine semble pouvoir certes soulager mais non guérir.
3. L'amour filial
• La relation parents/enfants joue un rôle important dans la pièce, comme souvent dans les comédies de Molière. Plus que l'amour du père pour ses filles (un peu empêché par la maladie d'Argan et sa soumission à sa seconde femme), c'est l'amour des enfants pour leur père qui apparaît en pleine lumière. Bien que son père n'accepte pas son mariage avec Cléante, Angélique l'aime profondément. D'où son chagrin à l'annonce de sa mort : « Hélas ! je pleure tout ce que dans ma vie je pouvais perdre de plus cher et de plus précieux. Je pleure la mort de mon père. » Elle ne veut plus entendre parler de mariage et souhaite mourir tant son chagrin