Ce naturalisme ne doit cependant pas être réduit à une conception matérialiste, cette dernière étant explicitement rejetée par Nietzsche. Les faits psychologiques, soutient Nietzsche, peuvent être expliqués en termes physiologiques ; mais cela ne conduit pas nécessairement à soutenir que les faits psychologiques ne sont rien d’autres que des faits physiologiques12. Dans l'expression « naturalisme méthodologique », l’adjectif « méthodologique » signifie donc que Nietzsche n’adopte pas la forme substantielle de naturalisme qu'est le matérialisme, mais qu'il explique néanmoins les phénomènes humains d'après les sciences de la nature. Ce rejet du substantialisme laisse ouverte la possibilité de spéculer sur la nature humaine en ne la fixant pas définitivement dans les termes des sciences de la nature, ce qui laisse également ouverte la possibilité d'une réévaluation des valeurs, l’autre aspect majeur de la pensée nietzschéenne13.
Ce que des commentateurs récents nomment le naturalisme de Nietzsche est donc son rejet de toutes les formes de transcendances qui ne peuvent que falsifier la compréhension historique et psychologique de l'homme ; Nietzsche les remplace par le projet, qu'il nomme généalogie, d'une explication de l'homme comme être entièrement corporel et animal dirigé par des pulsions et des affects qui expliquent ses croyances. Nietzsche est ainsi en ce sens un philosophe de la nature humaine et a pu de ce fait être rapproché de David Hume et de Freud14.
La réévaluation des valeurs [modifier]
Le second aspect majeur de la pensée de Nietzsche est la réévaluation des valeurs qu'il soumet à la méthode généalogique. Ce projet se manifeste, de La Naissance de la Tragédie à ses dernières œuvres, par la recherche des conditions et des moyens de l'ennoblissement et de l'élévation de l'homme15. Aussi nombre de commentateurs ont-ils souligné que le thème fondamental et constant de la pensée de Nietzsche, à travers les nombreuses variations de ses écrits, est le