Le Past Perfect en général
En général, on emploie le Past Perfect pour parler d'un lien entre un moment passé et un moment encore plus loin dans le passé:

•Lorsque nous parlons au prétérit déjà et nous voulons parler d'un événement encore plus loin dans le passé, nous employons le past perfect.
◦Ex. When Peter went to the theatre, he discovered that all the seats had been sold. — Lorsque Peter est arrivé au théâtre, il a découvert que toutes les places avaient été vendues.
•On emploie la forme progressive pour dire pendant combien de temps un certain événement durait avant qu'un autre ne se produise - les deux événements sont dans le passé.
◦Ex. I had been waiting for 20 minutes when Paul arrived. — J'avais attendu pendant 20 minutes avant que Paul n'arrive.
•Le past perfect s'emploie avec the first (second, third, fourth ... nth) time lorsque cette première (2ème, 3ème, 4ème ... énième) fois est dans le passé.
◦Ex. It was the first time we had met. — C'était la première fois que nous nous étions rencontrés.
Si on compare le Past Perfect avec le Present Perfect (voir leçon) on constate que dans ce dernier cas il s'agit d'un lien entre un moment passé et le présent tandis dans le cas du Past Perfect le lien est entre deux moments du passé, l'un étant plus récent que l'autre. Par exemple:

•It is 9 o'clock and I have been waiting for over an hour. ('is' = présent, 'have been waiting' = present perfect)
•It was 9 o'clock and I had been waiting for over an hour. ('was' = prétérit, 'had been waiting' = past perfect)