La première, qui va de sa naissance à son départ pour Florence en 1504, est sa période de formation, à Urbino d’abord, où il naît en 1483, puis à Pérouse, où il travaille dans l’atelier du peintre le plus célèbre de l'époque, Pietro Vannucci, plus connu sous le nom de Pérugin.

Son père, Giovanni Santi, qui est lui-même peintre et qui jouit à la cour du duc d’Urbino, Frédéric III de Montefeltro, d’une certaine considération, est son premier maître. Celui-ci meurt cependant en 1494, trois ans après son épouse. Raphaël, qui n'a que onze ans, se retrouve orphelin. Après avoir suivi l’enseignement de divers peintres, il quitte sa ville natale et part étudier à Pérouse en Ombrie auprès du Pérugin. Celui-ci en vient cependant à imiter son disciple, de même que celui-ci imite et apprend du maître. Les deux s’entendent très bien et Le Pérugin restera un grand ami de Raphaël.
Dès 1500, à dix-sept ans, il commence à s’affirmer comme « magister ». Il n’est ainsi plus disciple d’un autre maître, mais maître lui-même. Cela lui confère le droit d'avoir un atelier, des aides et des élèves. Il peint le retable « le Couronnement du bienheureux Nicolas de Tolentino » pour l' église Sant'Agostino de Città di Castello, un tableau qu'il exécute avec l'aide d' Evangelista da Pian di Meleto, ancien assistant de son père.
Son premier chef d'œuvre peut être daté de l'année 1504 — Le Mariage de la Vierge — un tableau qu'il réalise avant de quitter Pérouse, alors qu'il est encore dans l'atelier du Pérugin, en traitant le même sujet que son maître, pour comparer les mérites respectifs de l'un et de