Rapport de stage

Pages: 50 (12459 mots) Publié le: 8 juin 2012
UFR de Mathématiques et informatique Master 2 IPCC Option Image

RAPPORT DE STAGE Présenté par Mlle Mouna ESSABBAH

CONFR ONTAT ION E NT RE MOD ÈL ES ET DON NÉE S R ÉE LL ES POUR LA STRU CTUR E SPATIALE DES M OL ÉC ULE S D’ADN PAR LE B IAIS DE LA RÉ ALIT É AUGME NT ÉE

Encadrants : Rachid Gherbi et Malik Mallem

2005 - 2006

REMERCIEMENTS
Je remercie particulièrement mes deuxencadrants, les professeurs Rachid Gherbi et Malik Mallem, qui m'ont accordé leur confiance et m'ont prodigué leurs nombreux et précieux conseils. Je voudrais aussi remercier chaleureusement toute l'équipe de bioinformatique du LIMSI et l'équipe de l'IBISC pour avoir facilité mon intégration mais aussi pour la bonne ambiance qu'ils ont maintenu au sein des laboratoires respectifs. Mes remerciementss'adressent aussi à tous les professeurs qui m'ont encadré tout au long de cette année de master, spécialement Pr. Nicole Vincent et Mr. Nicolas Loménie pour leurs implication et pour tout le savoir dont ils m'ont imprégné. Une pensée affectueuse à mon papa et à ma maman pour les principes et les valeurs qu'ils m'ont inculqué. À mes soeures, toute ma famille, à tous mes amis, qui malgré la distance quinous sépare ont su rester près de moi pour me soutenir jusqu'au bout.

Table des Matières
Chapitre I Introduction ___________________________________________________ 4

I-1- Bioinformatique : les défis ___________________________________________________ 4 I-2- Contexte et but du stage _____________________________________________________ 6 I-3- Principales contributions____________________________________________________ 6 I-4- Contenu des chapitres _______________________________________________________ 8
Chapitre II Réalité augmentée et virtuelle au service de la biologie ________________ 10

II-1- Le traitement d'image en lien avec le sujet ____________________________________ 10 II-2- Organisation de l’ADN ____________________________________________________ 11 II-3- Imagestraitées ___________________________________________________________ 15 II-4- Points clés du stage________________________________________________________ 17
Chapitre III Entre modèles prédits et données terrain __________________________ 18

III-1- Contexte du stage ________________________________________________________ 18 III-2- Problèmes rencontrés_____________________________________________________ 19
III-2-1- Contraintes biologiques et biophysiques ___________________________________________ III-2-2- Complexité des images_________________________________________________________ III-2-3- Problématique nouvelle ________________________________________________________ III-2-4- Enjeux de cette recherche _______________________________________________________ 19 19 20 21

III-3-Approches proposées _____________________________________________________ 21
Chapitre IV Passage 3D-2D : Une approche guidée par le modèle _________________ 24

IV-1- Intérêt de l'approche______________________________________________________ 24 IV-2- Méthodologie associée_____________________________________________________ 25
IV-2-1- Extraction de la trajectoire 2D réelle à partir de l'image_______________________________ 25 IV-2-2- Projection du modèle 3D en 2D __________________________________________________ 31 IV-2-3- Comparaison des deux trajectoires extraites_________________________________________ 34

IV-3- Conclusion ______________________________________________________________ 41
Chapitre V Passage 2D-3D : Une approche guidée par les données_________________ 43

V-1-Intérêt de l'approche ______________________________________________________ 43 V-2- Qu'est ce que la Stéreovision? _______________________________________________ 44 V-3- Méthodologie associée _____________________________________________________ 45
V-3-1- Détection de la molécule d'ADN __________________________________________________ 45 V-3-2- Reconstruction 3D de la trajectoire de l'ADN...
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