• Les bactéries
L'étude taxonomique des bactéries (procaryotes) montre que ces organismes forment deux ensembles phylogénétiquement très distincts, les archéobactéries et les eubactéries.

Les archéobactéries vivent dans des milieux extrêmement défavorables et ont des caractéristiques si spécifiques tant au niveau de leur expression génétique que de leur métabolisme que certains biologistes considèrent que le monde vivant est composé de trois domaines : les eucaryotes, les archéobactéries et les eubactéries. On peut distinguer trois sous-groupes d'archéobactéries : les halophiles, qui vivent dans des milieux hypersalés, les méthanogènes, qui produisent du méthane et vivent au fond de la mer ou dans le tube digestif de certains animaux, et les thermoacidophiles, qui occupent des niches écologiques à la fois acides et chaudes telles que les sources thermales sulfureuses.

D'une extrême diversité, les eubactéries (« bactéries vraies ») forment un ensemble complexe dont les classifications dépendent des critères choisis. Ainsi peut-on différencier les eubactéries en fonction de leur forme, de leur type trophique (choix de la source d'énergie, de carbone et d'électron), de la composition de leur paroi cellulaire ou des similitudes de séquence nucléotidique de leur ADN. Trois grandes catégories d'eubactéries résultent de la conjonction de ces critères : les cyanobactéries, les bactéries à coloration de Gram positive et les bactéries à coloration de Gram négative.

Les cyanobactéries (Anabaena sp., par exemple), connues dans le passé comme cyanophycées ou algues bleues, sont des procaryotes à part entière, qui réalisent une photosynthèse de type oxygénique.

Les bactéries à coloration de Gram positive, dont la paroi cellulaire est composée d'une couche épaisse de peptidoglycane, forment deux groupes de bactéries différentiables en fonction du contenu en guanine (G) et en cytosine (C) de leur ADN : le groupe des actinomycètes (Corynebacterium diphtheriae, par