Thèse

Pages: 193 (48237 mots) Publié le: 11 novembre 2010
N° d’ordre : 4166

ANNÉE 2010

THÈSE / UNIVERSITÉ DE RENNES 1
sous le sceau de l’Université Européenne de Bretagne pour le grade de

DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE RENNES 1
Mention : Informatique tel-00512725, version 1 - 31 Aug 2010

Ecole doctorale MATISSE
présentée par

Guillaume Collet
préparée à l’unité de recherche IRISA Institut de Recherche en Informatique et Systèmes AléatoiresIFSIC

Alignements locaux pour la reconnaissance de repliements des protéines par programmation linéaire en nombres entiers

Thèse soutenue à Rennes le 8 juillet 2010
devant le jury composé de :

Dominique Lavenier
Professeur - ENS Cachan / président

Jin-Kao Hao
Professeur - LERIA / rapporteur

Alexandre G. De Brevern
Chercheur - INSERM / rapporteur

Michel Masella
Chercheur -CEA / examinateur

Rumen Andonov
Professeur - IRISA / directeur de thèse

Jean-François Gibrat
Directeur de recherche - INRA / directeur de thèse

tel-00512725, version 1 - 31 Aug 2010

Ä ÚÖ

Ö Ù×× Ø ¸
³ ×Ø ÐÐ Ö ³

× Ò

× × Ò× Ô Ö Ö ×ÓÒ ÓÔØ Ñ ×Ñ º

Ù×Ø Ú È Ö Ò

tel-00512725, version 1 - 31 Aug 2010

tel-00512725, version 1 - 31 Aug 2010

Ê Ñ Ö
Ñ ÒØ×
Ä × Ø Ô × ÑÚ ×³ Ò
Ò ÒØ Ð × ÙÒ × ÔÖ × Ð × ÙØÖ × Ø Ò Ñ³ Ò ×ÓÙ
Ñ × ÔÓÙÖ
ÐÐ ¹
¸ Ú × Ö ÙÒ Ô Ù× Ø Ö Ñ Ö
Ö ÕÙ ÐÕÙ × Ô Ö×ÓÒÒ ×º Ô ×¸

tel-00512725, version 1 - 31 Aug 2010

Ò ÔÖ Ñ Ö Ð Ù¸ Ú ÙÜ Ö Ñ Ö
Ö Ñ × Ô Ö ÒØ×
Ö Ð× Ñ³ÓÒØ ØÓÙ ÓÙÖ× Ò
Ø
Óѹ ÔÖ Ò Ö Ð ×
Ó× × Ø Ò Ñ³ÓÒØ Ñ × ÑÔ
³ ÚÓ Ö × ÜÔÐ
Ø ÓÒ׺ºº Ñ Ñ ×ÙÖ Ð ÒÓÑ Ö È º Â Ð × Ö Ñ Ö
ѳ ÚÓ Ö Ð ××
Ó × Ö Ñ ÚÓ ¸ Ù Ö ×ÕÙ Ñ Ô Ö Ö ¸
Ø ÕÙ ÐÕÙ× Ó ×¸ Ñ × ÒÚ Ð ØÐ Ô Ò º ÕÙ ³ Â Ø Ò× Ö Ñ Ö
Ö Ø Ý¸ Ð Ý Ù
ÓÙÔ ³ ÐÐ Ò×
ØØ Ø × º È ÖØ Ö Ñ Ú Ò³ ×Ø Ô × ØÓÙ ÓÙÖ×
Ð ¸ ×ÙÖØÓÙØ ÕÙ Ò ÔÖ Ñ Ø ÕÙ Ú ÙÜ ØÓÙØ ÖÖ Ø Öº Ø Ý ×ÙÔÔÓÖØ Ñ × ÖÓ Ò Ñ ÒØ× Ø Ñ × Ö Ö ×¸ Ñ × ÒÙ Ø× Ð Ò
× Ø Ñ × ÖÓÒ Ñ ÒØ׸ Ñ ×
ÔØ ÓÒ× Ø Ñ × ×Ù

׺ ÈÓÙÖ ÚÓ Ö ×ÙÔÔÓÖØ ØÓÙØ
Ð Ø ×ÙÖØÓÙØ ÔÓÙÖ ÚÓ Ö ØÓÙ ÓÙÖ×
ÖÙ Ò ÑÓ ¸ Ø Ö Ñ Ö
Ù ÓÒ Ù
ÙÖº Â ÚÓÙ Ö × Ñ ÒØ Ò ÒØ Ö Ñ Ö
Ö Ð × Ò× ÕÙ ³Ö Ò
ÓÒØÖ × Ù
ÓÙÖ× Ñ × ØÙ × Ø ÕÙ ÓÒظ ÒÚÓÐÓÒØ Ö Ñ ÒØ Ô Ùع ØÖ ¸ Ô ÖØ
Ô Ð Ö Ð × Ø ÓÒ
ØØ Ø × º ÁÐ× ×ÓÒØ Ù ÓÙÖ ³ Ù × Ñ× Ñ Ñ × Ò Ð × ÚÓ × ÔÐÙ× Ù×× ×ÓÙÚ ÒØ ÕÙ³ Ú Òغ È Ö ÓÖ Ö Ö Ò
ÓÒØÖ ´ Ô Ù ÔÖ ×µ Ê Ò¸ à Р¸ ÅÓÑÓ¸ Ë ¸ È×Ý Ó¸ Ì Ù¸ Æ ¸ ÐÒ ¸ Рܸ ÊÓÞ ÒÒ¸ È ¸ ÌÓѺºº Ø ³ Ò ÓÙ Ð × Ö Ñ Òغ Å Ö
ØÓÙ× ÔÓÙÖ Ð × ÓÒ× ÑÓÑ ÒØ׸ Ð × ×Ó Ö × ØÙ ÒØ ×¸ Ð × ×
Ù×× ÓÒ× Ò ÑÑ ×¸ Ð × ÙÜ ÑÓØ× Ð ×¸ Ð
Ô Ö Ò ¸ Ð × ÔÖ×¹Ñ
Ö Ô ×¸ Ð × ÙÜ ×Ó
Ø ¸ Ò
Ò
Ö ÚÓÐÙØ ÓÒ Ø ×ÙÖØÓÙØ ÚÓØÖ Ñ Ø º ÔÖ ×¸ Ð Ý Ð ÓÙÐÓغºº Å Ö
г ÕÙ Ô Å Ø Ð³ÁÆÊ ÂÓÙÝ Ò ÂÓ× × ÔÓÙÖ Ð ÙÖ

٠и Ð ÙÖ Ñ
Ò

ÓÑÔ Ø Ø ÓÒ¸ Ð ×
ÖÓ ×× ÒØ× Ø Ð × Ô Ò× Ù
Ó
ÓРظ Ð
ÒØ Ò ´Ð
Ö Ñ ÖÙÐ Ñ Ñ ÒÕÙ µ¸ Ø Ð × ÌÐ × Õ٠ѳÓÒØ ÔÖÓÔÙÐ× ×ÙÖ Ð Ú ÒØ Ð ×
Ò ÔÓÙÖ Ð ÔÖ Ñ Ö Ó ×º ³ Ò ÔÖÓ Ø ÔÓÙÖ Ö Ñ Ö
Ö
Ð ÙÖ Ù× Ñ ÒØ ÒØÓ Ò Å Ö Ò¸ Õ٠ѳ Ò
Ö ÐÓÖ× ÑÓÒ ×Ø Ñ ×Ø Ö¸Ø Â Ò¹ Ö Ò Ó × Ö Ø¸ Õ٠ѳ Ò
Ö Ù
ÓÙÖ× Ñ Ø × º Â Ö Ñ Ö
Ð Ñ ÒØ Ð³ ÕÙ Ô ËÝÑ Ó× ¸
Þ ÕÙ ³ Ô ×× ØÖ × ÓÒ× ÑÓÑ ÒØ× Ù
ÓÙÖ×
× ÕÙ ØÖ ÖÒ Ö × ÒÒ ×º Å Ö
ÚÓÙ× ÔÓÙÖ ÚÓ×
ÓÒ× Ð׸ ÚÓØÖ ÔÓÙÖ Ñ ×ÓÙØ Ò Ò
¸ Ð × ×
Ù×× ÓÒ׸ × Ö Ù× × ÓÙ ÒÓÒ¸ Ð × Ô Ù× ×
× Ð Ò
× Ñ Ò Ñ ØÖ Ô Ö ÆÓ Ð¸ Ð × ÙÜ ÑÓØ× Ö Ò Ó ×¸ Ð × ÔÓØ׸ Ð × Ö
٠׸ Ð × × Ñ Ò Ö × Ù ¸ Ð × Ë Îº Â Ö Ñ Ö
Ò Ô ÖØ
ÙÐ Ö Ð ×
ÓÐÐ Ù × ÕÙ ÓÒØ Ô ÖØ ÐÙÖ Ù ½

¾ Ú
ÑÓ ¸ Ò Ú Ø Ô × ØÖ
Ð ØÓÙ× Ð × ÓÙÖ׺ Å Ö
ÓÒ
ÆÓÐÛ ÒÒº Â Ö Ñ Ö
Ò Ò ÊÙÑ Ò Ò ÓÒÓÚ ÔÓÙÖ Ñ³ ÚÓ Ö Ô ÖÑ ×

Ê Ñ Ö
Ñ ÒØ×
Ö ×Ø Ò ¸ ÇÐ Ú Ö Ø Ö Ð × Ö
ØÖ Ú Ðº

ü гÁÊÁË ¸ Ð Ò³Ý Ô × Õ٠г ÕÙ Ô ËÝÑ Ó× ¸ Ø Ñ Ó × Ö Ñ Ö
Ö
Ð ÙÖ Ù¹ × Ñ ÒØ È ÖÖ ØØ ¸ Ä ÙÖ Ò
Ø Ð × ÔØ Ø× ÙÒ × Ð
غ ÍÒ
× ÖÚ Ú
Ð ×ÓÙÖ Ö ¸
³ ×Ø Ö Ò Ù ØÓÙظ Ñ ×
³ ×Ø Ø ÐÐ Ñ ÒØ ÔÐÙ× ÕÙ Â Ö Ñ Ö
Ù×× ØÓÙ× Ð ×ÓÙ ÙÖ× Ô Ö
Ù× Ð ØÙ
Ø Ð × ÓÙ ÙÖ× Óººº Ð × Ô Ù× ×¸ Ø Ù Òº Â Ö Ñ Ö
Ù Ñ Ñ
ÓÙÔ Å Ö ÕÙ ÒÓÙ× ÓÙÖÒ Ð Ñ Ø Ö Ð ÔÓÙÖ ÓÙ Ö Ø ÕÙ ×Ø ³ÙÒ ÒØ ÐÐ ×× Ò
ÖÓÝ Ð º Ò Ò¸ Ö Ñ Ö
Ð × Ñ × ÕÙ ³
ÖÓ × × Ò
× ÑÙÖ׸ Ò× Ð ×ÓÖ Ö Ú Ö¸ ÇÐ Ú Ö¸ ËÝÐÚ Ò¸ Å ØØ ×¸ Ù ÐÐ ÙÑ ¸ Рܸ ËÓÔ ¸ ÆÓ Ð¸ ÂÙÐ Ò¸ ÓÙÐÚ Ò¸ Ì ¹ Ùغºº ÍÒ Ñ Ö
×Ô
Ð Ú Ö Õ٠ѳ ÓÙÖÒ Ð ÑÓ Ð Ä Ì Ü ÔÓÙÖ Ö ÖÑ Ø × Ø Õ٠ѳ Ð Ñ ÒØ ÔÔÖ × ÓÙ Ö Ð³

ÓÖ ÓÒ ØÓÒ...
Lire le document complet

Veuillez vous inscrire pour avoir accès au document.

Vous pouvez également trouver ces documents utiles

  • These
  • Thésée
  • Thèse
  • Thése
  • Thèse
  • These
  • Thésée
  • Thèse

Devenez membre d'Etudier

Inscrivez-vous
c'est gratuit !