Peu de détails sur sa vie sont connus : on ne connaît ni le nom de ses parents, ni ses dates de naissance et de décès exactes, mais de récentes recherches ont permis de découvrir qu'il se prénommait Jean (d'autres sources mentionnent le nom d'Augustin d'Autrecourt, Sieur de Sainte-Colombe) et qu'il eut comme professeur le théorbiste et violiste Nicolas Hotman. On possède en revanche quelques informations liées à son talent de violiste, notamment grâce à ses élèves, parmi lesquels Danoville, Jean Desfontaines, Marin Marais, Pierre Méliton et Jean Rousseau.

Il est probable qu'il soit à l'origine de l'ajout d'une septième corde à la basse de viole. Jean Rousseau signale qu'il maîtrisait l'art de la viole « à la perfection », fait repris dans l'ouvrage de Pascal Quignard, Tous les matins du monde (ainsi que dans le film du même nom) qui montre l'apprentissage de Marin Marais auprès de Sainte-Colombe, et dans lequel il est présenté comme un homme austère. Il appartenait probablement à la noblesse lyonnaise, et il est rapporté qu'il donnait chez lui des concerts de viole. Il ne fut pas un musicien de cour.

Avec cent soixante-dix-sept pièces pour viole seule et soixante-sept pour deux violes, Sainte-Colombe se révèle un compositeur prolifique. Parmi les compositions qui nous sont parvenues, des Concerts à deux violes esgales (partition découverte par le pianiste Alfred Cortot et retrouvée parmi ses papiers en 1966). On peut avoir, par l'intermédiaire de ces compositions, une idée de la virtuosité de ce