Objectif : On cherche à mieux connaître la structure des protides.

Les protides regroupent les acides aminés, peptides, polypeptides et protéines selon la taille de la molécule ( en ordre croissant).

Pour connaître leur structure, on travaille avec le logiciel « Rastop » qui permet de visualiser la structure en 3D des molécules.

Ouvir le logiciel bureau/ log svt/ .

I - Qu’est-ce qu’un acide aminé ? Fichier  ouvrir  synthèse des proéines aamines glycine.pdb | permettent de modifier l’apparence de la molécule ; en sphères, en rubans… Afficher boules et bâtonnets |

1 – Chaque type d’atome est représenté par une couleur.

Remarque : en bas se trouve une fenêtre de commande dans laquelle on peut avoir des renseignements.

La fenêtre de commandes située sous la molécule permet aussi de faire tourner la molécule sur l’axe X, Y ou Z. Pivoter : la molécule tourne sur elle même Restaurer : elle reprend sa position initiale

Copier/ coller l'image dans votre compte-rendu. Ecrire la formule développée de la molécule de glycine.

2 - Recommencer le même travail avec l’acide aminé alanine : utiliser le fichier alanine.pdb.

3 – Comparer ces deux acides aminés en les affichant en cascade à l’aide de l’icône.

4 - Observer d’autres acides aminés (3 ou 4 au choix). Ecrire alors une formule condensée d’un acide aminé en différenciant les parties communes à tous les acides aminés et les parties spécifiques . Il faut copier/coller toutes les images dans votre compte-rendu

Fermer les fenêtres d’acides aminés ouvertes

II - Des acides aminés peuvent s’accrocher entre eux : cela forme des peptides (nombre d’acides aminés inférieur à 10 ) Fichier  ouvrir aamines  aa1-2h.pdb | Utiliser la fenêtre de commande pour identifier les acides aminés présents. sélectionner atomes, colorer, par groupe | Quels sont les acides aminés présents ?

2 - On veut comprendre comment les deux acides aminés