- Pour Bacon, « la science véritable est la science des causes ». Il s’oppose à la logique aristotélicienne qui établit un lien entre les principes généraux et les faits particuliers : pour lui, la logique se borne à exposer des découvertes déjà existantes et ne fait pas de vérification.

- Il abandonne la pensée déductive, qui procède à partir des principes admis par l’autorité des Anciens, au profit de l’« interprétation de la nature », où l’expérience apporte des connaissances nouvelles. Ainsi préconise-t-il :

* de soumettre la nature à l’expérience par une investigation au ras du sol (ce ne sont pas des ailes qu’il faut à notre esprit, mais des semelles de plomb), * et de tirer de l’expérience une « induction », non pas simplement « totalisante » qui se borne à constituer le catalogue des données acquises, mais « amplifiante » qui passe des faits connus à ceux qu’on peut raisonnablement leur assimiler.

- Il dresse un état des connaissances pour en déterminer les parties « déficientes » qui sont à compléter et entend réorganiser la carte du savoir en tenant compte de l’« avancement » historique de la science.

- Il invente des formulations imagées de l’idée de progrès : le savoir est pour lui un navire dépassant les Colonnes d’Hercule, limite du monde connu dans l’Antiquité (image qui orne le frontispice d’Instauratio Magna).

- Il croit que l’application de la science améliorera la condition humaine. Son utopie scientifique, exposée dans la Nouvelle Atlantide, repose sur une société dirigée par « un collège universel » qui regrouperait laboratoires, bibliothèques et observatoires où le travail de recherche serait réalisé par des équipes de techniciens.

- Cependant, il laisse de côté l’outil principal d’interprétation de savants tels que Galilée et Descartes, les mathématiques, et récuse le système de Copernic comme étant conçu à seule fin de satisfaire des exigences mathématiques.

Sa classification

Les subdivisions de la science