1942 en Belgique, Joseph Bernstein est un jeune garçon juif de 7ans. Un jour, alors qu'il est dans le tramway avec sa mère, celle-ci entend des soldats allemands dire qu'il va y avoir des rafles dans leur quartier.
Afin de protéger son fils, elle l'amène chez un couple d'aristocrates catholiques, et part prévenir son mari et ses amis du danger.
Joseph est hébergé par ce couple jusqu'à ce qu'il se fasse dénoncer par des voisins. La comtesse sauve la situation de justesse, mais c'est devenu trop dangereux pour tout le monde que Joseph reste avec eux. Le couple le confie donc au Père Pons, le directeur de La Villa Jaune, une école catholique.
Le père Pons emmène Joseph, chez Mademoiselle Marcelle, la pharmacienne du village de Chemlay.
Mademoiselle Marcelle va s' occuper de fabriquer de faux papiers et une nouvelle hisoire à Joseph, qui deviendra Joseph Bertin, jeune catholique de 6 ans dont les parents sont morts de la grippe espagnole. Fort de cette histoire Joseph peut donc intégrer l' orphelinat du Père Pons.
Il est placé sous la protection de Rudy, un autre élève de l'orphelinat qui sera son parrain et son guide dans l'école.
Au bout de plusieurs semaines, Rudy et Joseph se rendent compte que le Père Pons disparaît toutes les nuits pendant plusieurs heures....Prenant son courage à deux mains, Joseph le suit. Il voit le Père entrer dans la chapelle désafectée de l'orphelinat, quelques instants plus tard un homme frappe à la porte de la chapelle et donne un sac au Père Pons puis s'en va. Qu' y a t-il dans ce sac?
Le lendemain, Joseph décide de rentrer dans la chapelle pour savoir ce que trame le directeur. A la nuit tombée, il frappe à la porte de la chapelle, le père ne l' ayant pas tout de suite reconnu lui ouvre. Joseph entre et ne voit rien d'autre qu'une salle de prière vide et en ruine. Le père décide finalement de lui montrer son secret.
Ils descendent dans la crypte, et là Joseph comprend tout.
Le Père a entreprit une collection. Les juifs étant