Le christianisme était un important facteur d'unité entre l'Est et l'Ouest de l'Europe mais la conquête arabe de l'Afrique du Nord rompit les liens maritimes entre les deux régions. Des différences théologiques et politiques émergèrent alors et au milieu du VIIIe siècle, les divergences concernant l'iconoclasme, le célibat des prêtres, le contrôle étatique de l'Église et la liturgie (en grec à l'Est et latin à l'Ouest) devinrent particulièrement profondes64. La rupture fut officialisée en 1054 lorsque le pape et le patriarche de Constantinople s'excommunièrent mutuellement après des affrontements au sujet de la suprématie pontificale. La Chrétienté fut ainsi divisée en deux avec une branche occidentale qui devint l'Église catholique et une branche orientale qui forma l'Église orthodoxe65.

La structure ecclésiastique apparue sous l'Empire romain resta globalement inchangée malgré les bouleversements de l'Antiquité tardive mais la Papauté avait peu d'influence et peu d'évêques suivaient son autorité religieuse ou politique. Avant 750, les papes se préoccupaient essentiellement des controverses théologiques avec les Byzantins et sur les 850 lettres du pape Grégoire Ier (pape 590-604) qui nous sont parvenus, la vaste majorité concernait les affaires en Italie et à Constantinople. La christianisation de l'Europe occidentale, déjà bien avancée à la fin de l'Empire romain, se poursuivit et des missions furent notamment envoyées en Grande-Bretagne en 597 pour évangéliser les Anglo-Saxons66. Les moines irlandais (en) comme Colomban (d. 615) furent particulièrement actifs entre les VIe et VIIIe siècles et ils fondèrent des missions en Angleterre puis dans l'actuelle Allemagne67.

Le haut Moyen Âge vit l'émergence du monachisme en Europe occidentale dont le concept avait été développé par les Pères du désert d'Égypte et de Syrie. Les moines vivaient généralement de façon autonome et se concentraient sur la vie spirituelle en appliquant les enseignements cénobitiques