Bioinformatique

(1900-1975), « rien n’a de sens en biologie, si ce n’est à la lumière de l’évolution ». l’heure où la génomique et la « postgénomique» produisent d’importantes quantités de données expérimentales, un des facteurs important reste leur analyse bioinformatique. . Nous allons tout d’abord nous intéresser, ici, à la phylogénie moléculaire, qui permet de retracer les relations généalogiques entre les gènes (etdonc entre les espèces qui les portent), puis aux méthodes qui permettent de détecter, au niveau

de L'HABILITATION A DIRIGER DES RECHERCHES par Christophe GEOURJON lundi 11 décembre 2000 Bioinformatique structurale des protéines JURY : Mr. A.J. COZZONE Mr. D. KAHN Mr. J.L. RISLER Mr. J.C. THIERRY Mr. G. DELEAGE Mr. C. GAUTIER Mr. J. SAMARUT Président Rapporteur Rapporteur Rapporteur Institut de Biologie et Chimie des Protéines, IBCP UMR n° 5086 Pôle de BioInformatique Lyonnais Laboratoire de Conformation des Protéines 7, Passage du Vercors - 69 367 Lyon cedex 07 REMERCIEMENTS

également intégrer des données supplémentaires, nous l'utiliserons de manière ab initio. Une des différences de ces deux logiciels est qu'Augustus fonctionne avec le format FASTA qui est un format standard de représentation d'une séquence en bioinformatique. Quant au format gff (General Feature Format), il nous décrit les coordonnées d'éléments du génome. Néanmoins, ces deux logiciels font des prédictions, c'est-à-dire que les exons seront prédits avec une certaine probabilité. Si cette dernière

TD11 : contrôle bioinformatique Partie 1 : 3. 1er gène : -son nom est « cat » et son produit la chloramphénicol acétyltransférase (enzyme) -il est situé entre les nucléotides 1816 et 2475 -la séquence correspond au brin antisens car il y a la mention « complement » -l’ARN polymérase se fixe sur la séquence Genbank 2ème gène : -son nom est « bla » et son produit est la beta-lactamase (enzyme) -il est situé entre les nucléotides 5282 et 6142 -la séquence correspond au brin antisens

Introduction à la bioinformatique 1. INTRODUCTION . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1 2. QUELQUES NOTES HISTORIQUES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1 2.1. 3. 2.1.1. Architecture client-serveur ...........................................

son nom, la "bioinformatique" ne doit pas être confondue avec une simple application aux données biologiques, des concepts et des outils de l'informatique traditionnelle. Pour les anglo-saxons, le terme " bioinformatics " définit précisément la discipline consacrée à l'étude des séquences et des structures biologiques, contrairement au terme " biocomputing " qui correspond plutôt au traitement sur ordinateur des données biologiques. En français, effectivement, le terme " bioinformatique " peut introduire

Bioinformatique et données biologiques Cours d'introduction à la bioinformatique et de présentation des banques de séquences. 1ère partie Equipe Bonsai (2014) QUELQUES MOTS SUR LA BIOINFO Connaissances 2 Définition de la bioinformatique Un domaine de recherche qui analyse et interprète des données biologiques, au moyen de méthodes informatiques, afin de créer de nouvelles connaissances en biologie. Source : article présentant la bioinformatique, sur le site d'Interstices

financiers Secrétaire du lci (Le Club Informatique de l’eseo) Organisateur du Gala de l’eseo (année 2000) Prix d’art oratoire Concours Démosthène (eseo) Catégorie sport Capitalisation de compétences (Alcatel) Secrétaire du cmy (Club Mouche Yonnais) Bioinformatique Inserm 564 & 0018 Compétences Aimer le contact avec des clients Autonomie Sens des responsabilités Convaincre Etre sérieux Etre digne de confiance Rédiger des documents Esprit de synthèse Gestion financière Communication Force physique et morale

génome est globalement semblable pour tous les individus. • Il existe cependant des variations entre génomes d’individus différents : Polymorphisme. HISTORIQUE cette discipline a été facilité par le dvpt des séquençage et la techniques de bioinformatique. • En 1972 premier véritable séquençage d’un génome avec la lecture de la seq ARN du génome du virus bactériophage MS2. • En 1977 Sanger séquence le génome du virus ΦΧ 174. • En 1995, séquençage du génome de 1,8 Mb de la bactérie Hemophilus influzae

remercie particulièrement mes deux encadrants, les professeurs Rachid Gherbi et Malik Mallem, qui m'ont accordé leur confiance et m'ont prodigué leurs nombreux et précieux conseils. Je voudrais aussi remercier chaleureusement toute l'équipe de bioinformatique du LIMSI et l'équipe de l'IBISC pour avoir facilité mon intégration mais aussi pour la bonne ambiance qu'ils ont maintenu au sein des laboratoires respectifs. Mes remerciements s'adressent aussi à tous les professeurs qui m'ont encadré tout au