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La guerre au Mali est une des conséquences de la guerre civile libyenne. Après le renversement du régime de Kadhafi, des arsenaux militaires sont pillés par des groupes armés, tandis que des mercenaires touaregs au service de la Jamahiriya arabe libyenne fuient vers le Sahara et rejoignent des mouvements rebelles avec armes et bagages.
Le 17 janvier 2012, les rebelles touaregs du MNLA (indépendantiste) et d'Ansar Dine (salafiste) déclenchent la cinquième rébellion touarègue contre le Mali. Bientôt rejoints par les djihadistes d'AQMI et du MUJAO, ils prennent Aguel'hoc, Ménaka et Tessalit. À la suite de ces défaites, une partie de l'armée malienne tente un coup d'état en mars qui provoque des affrontements entre « bérets verts » et « bérets rouges » et désorganise les opérations au nord. Les rebelles en profitent et s'emparent de Kidal, Tombouctou et Gao. Le 6 avril, le MNLA annonce la fin de son offensive et proclame l'indépendance de l'Azawad. Les combats ont alors fait des centaines de morts et des centaines de milliers de réfugiés.
Cependant les rebelles se déchirent à leur tour. Les divergences entre le MNLA et Ansar Dine brisent leur alliance et en juin, les indépendantistes sont chassés de Gao par le MUJAO et AQMI et doivent abandonner Tombouctou. En novembre le MNLA tente une contre-attaque, mais il est repoussé près d'Ansongo, puis il perd le contrôle de Ménaka.
Fin 2012, les négociations échouent et en janvier 2013, les djihadistes salafistes lancent une offensive sur Ségou et Mopti au sud du Mali. Cette attaque provoque