Analyse du polymorphisme des génomes nucléaire et mitochondriale

Introduction

Dans les cellules animales, il existe de l’ADN nucléaire et de l’ADN mitochondriale. L’ADN nucléaire est localisé dans le noyau des cellules sous forme de chromosomes.
L’ADN mitochondrial (ADNmt), génome circulaire de petite taille, se trouve dans des organites du cytoplasme cellulaire, les mitochondries. Contrairement à l'ADN nucléaire, il est présent en de multiples exemplaires dans chaque cellule. Les molécules d'ADN accumulent des modifications au cours de leur évolution de sorte qu'une séquence d'ADN peut être différente d'un individu à l'autre ou d'une population à l'autre. C'est l'analyse de ces différences, connues sous le nom de polymorphisme génétique, qui sert de base aux biologistes moléculaires pour étudier les relations de parenté entre les individus ou l'histoire des peuplements. Il existe deux grands types de polymorphismes : un polymorphisme de séquence (par exemple mutation ponctuelle, délétion) et un polymorphisme de longueur de séquence (portion de gène en plus ou en moins) Au cours de ce TP, nous avons étudié, en utilisant la technique de PCR, le polymorphisme de deux gènes d’huîtres creuses Crassostrea gigas : un gène nucléaire, la métallothionéine (MT) et un gène mitochondrial du cytochrome Oxydase I (COI). Cette étude sera réalisée à partir de l’ADN présent dans des branchies d’huitres.

Matériels et Méthodes (cf. annexe)

Extraction de l’ADN :

- dissection de branchies d’huitre. Les conserver dans l’éthanol.

- Lyse des cellules
Cette étape a pour but de lyser les cellules pour libérer l’ADN. Pour cela, on utilise un détergent (SDS) et de la protéinase K (qui permet la destruction des protéines membranaires, des noyaux..). L’EDTA contenu dans le tampon est un chélateur.

- Purification Cette étape permet l’élimination des protides et des lipides. Le chloroforme entraîne la précipitation des