Les champignons sont des organismes eucaryotes pluricellulaires ou unicellulaires. Le terme champignon est devenu ambigu car il désigne un taxon obsolète. Ce terme englobe à la fois les Fungi (ou Mycota), les Oomycota, les Chytridiomycota et les Mycetozoa. Leurs cellules, pourvues d'une paroi chitineuse ou cellulosique, sont immobiles et se nourrissent par l’absorption des molécules organiques directement dans le milieu. La cellule ou les cellules sont dépourvues de chlorophylles et/ou de plastes car ces organismes sont hétérotrophes vis-à-vis du carbone. Leur appareil végétatif est un thalle : ce sont donc des thallophytes.
Tous les champignons vrais appartiennent au groupe des Eumycètes et se répartissent au sein des Basidiomycètes, comme les amanites ou, pour quelques-uns, parmi les Ascomycètes, à l'exemple des morilles ou des truffes. L'étude de ces champignons est la mycologie et ceux qui la pratiquent sont des mycologues. Mais il y a aussi d'autres groupes qu'on appelle communément « champignons » mais qui n'en sont pas au sens strict du terme qui sont les oomycètes (plus proches génétiquement des algues brunes) et les myxomycètes.
Ce qu'on appelle couramment champignon n'est en fait que la « fructification » temporaire et visible, le sporophore (autrefois appelé carpophore), d'un organisme à caractère plus durable et plus discret, le macromycète, dont la structure habituellement filamenteuse constitue le mycélium, dont les filaments isolés sont généralement invisibles à l’œil nu. Le sporophore se présente souvent sous forme d'un pied (le stipe) portant un chapeau. D'autres silhouettes de sporophores sont bien connues : en forme de petits buissons comme les clavaires, de langues sur le tronc des arbres comme les fistulines, de coupes comme les pézizes, de sphères comme les vesses-de-loup,