Johnny Allen Hendrix naît le 27 novembre 1942 à Seattle, dans l’État de Washington, aux États-Unis. Il est le premier fils de James Allen « Al » Hendrix et Lucille Hendrix (née Jeter) et d’ascendance Cherokee. Al Hendrix ne rencontre son fils que trois ans plus tard, car il est pris par ses obligations militaires, cantonné dans une base de l’armée américaine en Oklahoma. Quant à Lucille, incapable d’assumer l’éducation de son fils à cause de son problème d’alcoolisme, elle ne s’en occupe pas. Démobilisé, Al Hendrix récupère Johnny, qu’il rebaptise James Marshall en mémoire de son frère décédé Leon Marshall Hendrix3, et propose à Lucille de s’installer ensemble. Celle-ci donne naissance à Leon Hendrix en 1948. Cependant, le couple s’entend très mal, ne cesse de se disputer et finit par divorcer le 17 décembre 19514,note 1.
James est profondément affecté par les conditions de pauvreté et la négligence dans lesquelles il a grandi, mais aussi par les troubles familiaux qu’il a vécus dans son enfance, le divorce de ses parents lorsqu’il a neuf ans, et surtout le décès de sa mère, alcoolique, en février 1958. Hendrix est battu à maintes reprises par son père, Al Hendrix, qui souffrait lui aussi de graves problèmes d'alcool. Le fait qu’Hendrix ait vécu son enfance à Seattle explique peut-être la facilité avec laquelle il a réussi à transgresser les diverses barrières raciales ou culturelles. En effet, il a vécu dans un quartier où les échanges entre communautés étaient constants. Certes il y avait de la ségrégation, mais dans des proportions infiniment moindres que dans le Sud4. James lui-même est d'ascendance mélangée, noire, blanche et amérindienne (Cris).
Son premier instrument de musique est un harmonica offert par son père pour ses 4 ans, mais il s'en lassera vite. Il acquiert alors sa première guitare à 15 ans (une acoustique achetée pour 5 $ à un ami de son père), remplaçant avantageusement l'ukulélé à une seule corde que son père lui avait donné après l'avoir