En plein cœur de la série des Rougon-Macquart, le roman Au Bonheur des Dames, se veut un roman naturaliste113. Dans son étude Le Roman expérimental, Zola décrit les principes du roman naturaliste : selon les règles de la méthode expérimentale, il s'agit de préciser les conditions initiales de vie puis d'observer comment le comportement de l'individu ou de la société se détermine à partir des contraintes auxquelles ils sont soumis (hérédité, éducation, physiologie, milieu social).
« L'observateur chez lui donne les faits tels qu'il les a observés, pose le point de départ, établit le terrain solide sur lequel vont marcher les personnages et se développer les phénomènes. Puis, l'expérimentateur paraît et institue l'expérience, je veux dire fait mouvoir les personnages dans une histoire particulière, pour y montrer que la succession des faits y sera telle que l'exige le déterminisme des phénomènes mis à l'étude114 »
La construction du roman commence donc par une étude minutieuse du milieu où se déroule l'action115. L'univers du grand magasin est ensuite décrit de manière quasiment exhaustive (inspection du magasin par Mouret au chapitre II, les conditions de vie des employés, les grandes ventes des chapitres IV - IX - XIV, les réfectoires des chapitres VI et X ). C'est le rôle des multiples descriptions que Zola distille de manière régulière dans son roman116 pour éviter de trop se disperser et se noyer dans les pages descriptives117. Il ne reste plus alors qu'à observer l'évolution du Grand Bazar et le comportement des acteurs plongés dans ce milieu. Selon un principe assez classique dans ses romans, Zola choisit un personnage étranger au milieu (ici il s'agit de Denise), l'introduit dans ce nouvel univers et observe son comportement118. Pour Zola, l'homme est déterminé par son hérédité : Octave Mouret est de la lignée de Rougon; il est donc mu par son ambition, sa soif du pouvoir et de l'argent118. Il pense d'autre part que le rôle du corps et de ses pulsions est