Compte-rendu de TP de bio informatique : Etude d’une séquence associée à une pathologie.

Des zoologistes étudiant une famille de tigres de Sibérie obtinrent lors d’une portée trois individus atteins de desquamation sévère et de problèmes de vision. Ces symptômes ressemblent fortement à ceux obtenus lors d’une carence en vitamine A. Or après une analyse plus poussée de ces trois individus ils ont observés qu’il n’avaient aucun carence en vitamine A. Ils ont donc chercher à déterminer une anomalie au niveau du métabolisme de cet vitamine, et ont trouver un ARNm de 783pb anormalement surexprimé.
Nous allons donc étudier la séquence du transcrit de cet ARNm.

Première étape : recherche de séquences similaires

Cette étape nous permet de comparer notre séquence à d’autres connues afin de pouvoir trouver des similitudes qui nous permettraient de trouver sa fonction dans l’organisme.

Nous avons effectué un Blast de la séquence sur le site de http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

[pic]

Figure 1 : séquences similaires comparées par BLAST

La recherche nous indique une complémentarité avec de nombreuses séquences plus ou moins similaires, avec des scores et des E-value différentes. Ensuite, nous décidons d’observer plus précisément ces différences en comparant les 15 premières séquences les plus ressemblantes à notre séquence expérimentale par ClustalW2, qui identifie les mutations ponctuelles et les séquences conservées. [pic]

Figure 2 : observation des mutations en acides aminés des 15 séquences les plus proches.

Le but est de déterminer les répercutions des mutations sur le phénotype de l’animal.
Pour cela, nous allons étudier les possibles modifications structurales de notre protéine dues à ces mutations. nous allons donc la comparer à une protéine de référence connue dans la banque de donnée PDB, qui est la Retinol-binding Protein 4 (RBP4) dont le code pdb est 3FMZ, nous permettant d’accéder à la structure tridimensionnelle