I. La vision du monde dépend des propriétés des photorécepteurs
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● La rétine est la membrane qui tapisse le fond de l'œil et sur laquelle se forment les images. Elle est formée de cellules nerveuses (des neurones) dont certaines sont desrécepteurs sensoriels spécialisés dans la vision, les photorécepteurs. Ces derniers contiennent un pigment de nature protéique (l’opsine) sensible à la lumière.

● Selon la nature de l’opsine qu’ils contiennent, on distingue plusieurs types de photorécepteurs.
- Les bâtonnets sont situés dans la rétine périphérique et sont sensibles aux faibles intensités lumineuses (vision crépusculaire uniquement). Ils contiennent tous la même opsine (rhodopsine) qui absorbe toutes les longueurs d'onde du spectre de la lumière visible. Ils n'interviennent donc pas dans la vision des couleurs.
- Les cônes sont concentrés dans l'axe optique de l'œil (fovéa) et ont un seuil de stimulation élevé (vision diurne uniquement). La rétine humaine possède trois types de cônes respectivement sensibles au bleu (opsine S), au vert (opsine M) et au rouge (opsine L). Cela permet la vision des couleurs (vision trichromate).

● La déficience des photorécepteurs peut avoir diverses origines :
- génétique, comme dans le daltonisme qui entraîne la défaillance dans la sensibilité à des longueurs d'ondes particulières et des perturbations de la vision des couleurs ;
- liée à l'âge, comme dans la dégénérescence maculaire (DMLA) due à une défaillance des cônes et qui entraîne une perte de la vision centrale ;
- alimentaire, comme dans l'héméralopie, qui est une défaillance en vitamine A qui entraîne une perte de la vision nocturne.

Principe de construction d'une arbre de parenté à partir de données moléculaires
- Deux espèces qui présentent une même nouveauté évolutive l'ont hérité d'un ancêtre commun chez qui l'innovation est apparue.
- Pour deux espèces données, possédant une même protéine (protéine homologue),