2) Dans la seconde partie, Descartes énonce les règles de la méthode qu'il a choisie.
Réformer les sciences exige d'abord que l'on réforme ses propres pensées, et pour ce faire que l'on bâtisse : " dans un fonds qui est tout à (s)oi ". En d'autres termes, de même qu'il " n'y a pas tant de perfection dans les ouvrages composés de plusieurs pièces, et faits de la main de divers maîtres, qu'en ceux auxquels un seul a travaillé ", il convient de reconstruire les sciences selon un plan qui les unifie et les installe sur des fondements communs, grâce à l'unité d'une méthode.
Pour mener à bien ce projet, Descartes décide donc, premièrement, de faire table rase des opinions ou préjugés qui encombrent son esprit et lui viennent d'une éducation éclectique, deuxièmement de définir rigoureusement la méthode qu'il compte appliquer dans les sciences et dont les règles sont au nombre de quatre : l'évidence, l'ordre, l'analyse, l'énumération
C'est l'isolement qui lui permet de comprendre combien travailler sur les idées d'autrui n'apporte rien sinon une multitude d'opinions diverses. Or, puisque la raison est universelle, et que l'esprit le plus simple peut arriver aux mêmes conclusions que tout le genre humain, Descartes décide d'être la matière de son raisonnement, se distinguant de ceux qui se précipitent dans leur raisonnement, et de ceux qui se contentent de se référer à des autorités intellectuelles. Descartes lui ne peut choisir parmi autant de monde et préfère se conduire lui-même. Cette conduite le mène sur la voie de la circonspection, d'où il s'impose quatre principes I/ Ne pas prendre pour vraie une chose pour vraie tant qu'il n'est pas sûr du fait
2/ Diviser les difficultés au maximum
3/ Aller du plus simple au plus compliqué
4/ Ne rien omettre en démultipliant les domaines d'investigations. Avant toutefois de poursuivre, il attend d'avoir atteint un âge mûr. >> " mais que, pour toutes les opinions que j'avais reçues jusques alors en ma créance,