TD1 – Clonage in silico
Roubaud Leif , Albiges Pierre :Groupe 13
Aix-Marseille Université, site Luminy
Résumé
Dans ce TD , on va utiliser les capacité des enzymes de restriction ( proteines capables de scinder l ' ADN ) pour étudier le clonage moléculaire grâce à l'outil informatique , c'est le clonage « In Sillico ». Table des matièresTable des matières
1) Les enzymes de restriction :1
a) Le plasmide1
b) Les Enzymes2
2) Digestion du plasmide à l'aide des 2 enzymes de restriction2
3) Digestion du phage Lambda3
4) Insertion d'un fragment de phage dans le vecteur4

1) Les enzymes de restriction :a) Le plasmideOn retrouve les sites de restriction pour les 2 enzymes :
Site de restriction de EcorI : 5'GAATTC , 5'---G ^AATTC---3' 3'CTTAAG 3'---CTTAA ^G---5'

Site de restriction de HindIII : 5'AAGCTT 5'---A^ AGCTT---3' 3'TTCGAA 3'---TTCGA ^A---5'

Le lieu de coupure est represente par « ^ »

EcorI et HindIII produisent des « sticks-ends » ou bout collants , en effet la coupure n'est pas nette , il y a des extrémités saillantes et rentrantes (AATTC et CTTAA saillantes pour EcorI )

b) Les EnzymesPour EcorI , il y a 1 site de restriction
Pour HindIII , il y a 1 site de restriction

On les retrouve pas tous car le logiciel de traitement de texte revient à la ligne tout les 60 paires de base environ coupant les codons , de plus le plasmide est circulaire donc il y a une coupure au debut et a la fin .

Oui on retrouve bien les 2 sites de restriction de EcorI et de HindIII .

On explique la différence par le fait que le logiciel prend en compte la sequence en entier sans coupure et sa circularite .

2) Digestion du plasmide à l'aide des 2 enzymes de restriction2 fragment d 'ADN

3) Digestion du phage Lambda
Le phage lambda est un virus à ADN double brin bacteriophage qui infecte la bacterie E.Coli

48 502 paire de bases

On obtient 11 fragment du genome de phage lambda apres digestion avec EcorI et HindIII :

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