Avant 1892 et l'ouverture d'Ellis Island comme centre de réception des immigrés à New York, le débarquement des voyageurs se faisait à Fort Clinton, à l'extrême sud de Manhattan (aujourd'hui dans Battery Park), au grand dam des habitants qui se plaignaient de la situation, imputant nombre de maux aux nouveaux arrivants. Ellis Island s'appelait alors Fort Gibson et était une place militaire qui faisait partie du système de défense de la ville contre la flotte britannique. L'île apparut alors comme une meilleure solution, permettant d'isoler les migrants avant leur acceptation aux États-Unis et d'éviter les évasions. Originalement appelée Little Oyster Island (île de la petite huitre), on la nomma Ellis Island en référence à Samuel Ellis, colon venant probablement d'Écosse, qui en fut son propriétaire dans les années 1770, avant son rachat par l'État de New York.

Les bâtiments du centre d'immigration d'Ellis Island a été créé par les architectes Edward Lippincott Tilton et William A. Boring qui reçurent une médaille d'or à l'exposition universelle de Paris en 1900 pour le design du bâtiment principal.

Le centre fédéral d'immigration ouvrit le 1er janvier 1892 et fut fermé le 12 novembre 1954 après le passage et l'inspection de plus de 12 millions d'immigrants par le Bureau d'immigration des États-Unis. Durant les 35 années d'activité, plus de 8 millions d'immigrations ont été enregistrées localement par l'administration de l'État de New York au Castle Garden Immigration Depot à Manhattan.

1907 a été l'année la plus active à Ellis Island avec l'arrivée de 1 004 756 immigrants. Le 17 avril de cette année-là a vu l'arrivée de 11 747 immigrants.

Ceux qui présentaient des signes de maladies étaient renvoyés dans leur pays ou gardés à l'hôpital de l'île pour une très longue période. Par la suite, les immigrants se virent poser une série de 29 questions incluant leur nom, leur métier et la quantité d'argent qu'ils avaient sur eux. Généralement, ces immigrants