L'aventure débute là où celle de Modern Warfare 2 s'arrête. Les États-Unis subissent le siège de l'armée russe et le terroriste ultra-ultranationaliste Makarov est toujours dans la nature. Pendant ce temps là, Soap MacTavish et Price, tout deux blessés, sont en fuite avec Nicolaï, leur informateur. Direction Dharamsala, en Inde, ou nos 3 amis sont attaqués par des hommes de Makarov. Malheursement pendant leur cavale, les choses ne vont pas se passer comme prévu, pendant la fuite, nos 3 amis se font surprendre par une embuscade. A partir de là, nous controlerons le personnage de " Yuri " un loyaliste qui travaille pour Nicolaï. Leur cache étant compromise, le groupe est obligé de fuire le pays par hélicoptere.

Aprés avoir quitté l'Inde, on se retrouve aux Etats-Unis, et plus précisement a Manhattan pendant que les Russes attaquent la ville par bateaux. Mal en point, les Delta Force sont appelé à la recousse. Nous controlerons alors " Forst " un des membres du commando, sous les ordres de Sandman. La mission consistera à prendre le contrôle d'un batiment au dessus de la bourse de New York afin que les Americains puissent riposter.

6 Mois plus tard, on joue un agent Russe qui doit proteger le président dans un avion. Celui-ci doit signer un traité de paix avec les Etats-Unis. Et là c'est le drame, les choses ne se passent pas comme prévu, l'avion se fait attaquer par les hommes de Makarov, leur objectif est simple, enlevé le président et sa fille pour faire capoter l'affaire. La fille parvient à s'enfuir, ce qui n'est malheureusement pas le cas du président qui reste entre les mains de Makarov. Ce dernier veut récuperer des plans pour pouvoir lancer une grosse attaque contre les Etats-Unis. Rien que ça.

Retour avec notre groupe du début, à savoir Soap, Price et Yuri qui sont à la recherche de Makarov, notament en Afrique o$ un vendeur d'armes les informe que Makarov essaye de récupérer des armes chimiques. Ils vont alors essayer d’intercepter la livraison