exemple bioinformatique en BTS Biotechnologies

510 mots 3 pages

TD11 : contrôle bioinformatique
Partie 1 :

3. 1er gène :

-son nom est « cat » et son produit la chloramphénicol acétyltransférase (enzyme)
-il est situé entre les nucléotides 1816 et 2475
-la séquence correspond au brin antisens car il y a la mention « complement »
-l’ARN polymérase se fixe sur la séquence Genbank

2ème gène :

-son nom est « bla » et son produit est la beta-lactamase (enzyme)
-il est situé entre les nucléotides 5282 et 6142
-la séquence correspond au brin antisens car il y a la mention « complement »
-l’ARN polymérase se fixe sur la séquence Genbank

Partie 2 :

4.

5.

La triple digestion est possible dans les tampons 3 et 4 ou les enzymes ont 100% d’activité

6. BsaI a 2 sites de restriction
EcoRI a 1 site de restriction
PvuII a 3 sites de restriction

7. taille des fragments

On obtient 6 fragments.

Partie 3 :

8.

L’identifiant UniProt est P62593

9. 10.

Le nom de la protéine est la Beta-lactamase TEM

La séquence mesure 286 acides aminés

General annotation (Comments)
Function
TEM-type are the most prevalent beta-lactamases in enterobacteria; they hydrolyze the beta-lactam bond in susceptible beta-lactam antibiotics, thus conferring resistance to penicillins and cephalosporins. TEM-3 and TEM-4 are capable of hydrolyzing cefotaxime and ceftazidime. TEM-5 is capable of hydrolyzing ceftazidime. TEM-6 is capable of hydrolyzing ceftazidime and aztreonam. TEM-8/CAZ-2, TEM-16/CAZ-7 and TEM-24/CAZ-6 are markedly active against ceftazidime. IRT-4 shows resistance to beta-lactamase inhibitors.
Catalytic activity
A beta-lactam + H2O = a substituted beta-amino acid.
Biotechnological use
This protein is used as a marker in many commonly used cloning vectors, such as pBR322 and the pUC series.
Miscellaneous
The beta-lactamase present on pBR322 was cloned from plasmid R1 (R7268).
Sequence similarities
Belongs to the class-A

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