Un phénotype moléculaire, où il correspond à des modifications de la structure des molécules, lesquelles sont la cause des caractères cellulaires différents. L'environnement peut également modifier les phénotypes, qui en sont donc aussi dépendants. Le phénotype dépend majoritairement des protéines. On peut relier un phénotype individuel particulier à une modification de la structure d'une protéine. les protéines sont des enchaînements d'acides aminés. Les protéines sont formées d'une suite de molécules plus petites, les acides aminés (AA). Il existe une vingtaine d'acides aminés, ce qui donne un nombre extrêmement élevé de combinaisons possibles, une protéine pouvant comporter plusieurs centaines d'AA. La suite des AA est appelé séquence de la protéine. Les protéines sont donc comparables à des "rubans" d'AA. Ce ruban se replie ensuite dans l'espace, ce qui donne à la protéine un volume, une forme bien définie. Les protéines dépendent du génotype. Il existe un parallèle entre les variations d'un caractère présenté par divers individus d'une même espèce et les variations de la structure d'une protéine chez ces mêmes individus. Dans le cas de phénotypes aisément repérables (maladies), une transmission héréditaire peut être mise en évidence, ce qui revient à montrer qu'il existe un (ou plusieurs) gène correspondant au phénotype observé. On passe donc de la relation un gène ---> un caractère, à la relation un gène ---> une protéine. Un allèle s'exprime donc par la fabrication d'une protéine. La séquence d'une protéine est liée au génotype. La séquence d'une protéine est susceptible de variations lorsqu'il y a variation d'un gène, c'est à dire modification de la séquence en nucléotides d'un morceau d'ADN (Cf cours de seconde). Il y a donc un rapport entre la séquence des nucléotides de l'ADN et la séquence en acides aminés d'une protéine. Note: L'aspect extérieur, le phenotype, est la résultante de nombreux caractéres distinctifs se rapportant à des structures