Hanzō Hattori était le fils de Yasunaga Hattori. Né vassal du clan Matsudaira, puis du clan Tokugawa, Hanzō Hattori se révéla un des meilleurs serviteur de Ieyasu Tokugawa, l'un de ses plus loyaux. Il mena sa première bataille à 16 ans, combattit durant la Bataille d'Anegawa en 1570, puis la bataille de Mikata-Ga-Hara en 1572 - cependant sa victoire la plus mémorable reste celle qui suivit la mort de Nobunaga Oda en 1582.

À ce moment, Tokugawa Ieyasu et ses ninjas étaient postés près d'Ōsaka, et apprirent l'assassinat d'Oda juste à temps pour s'enfuir et éviter les troupes de Mitsuhide Akechi. Cependant, ils n'étaient pas encore en sûreté : Mikawa était encore loin et les hommes d'Akechi pouvaient bloquer les routes. Hanzō proposa alors l'idée d'aller vers Iga, où se trouvaient des ninjas ralliés à sa cause. De plus, Ieyasu avait aidé les survivants de l'invasion de Nobunaga en 1580, et ceux qui s'en souvenaient seraient prêts à aider le groupe. Tadakatsu Honda envoya Hanzō et, comme prévu, les hommes d'Iga consentirent à les aider, à les guider et même à leur offrir une escorte. Finalement, Ieyasu Tokugawa put rentrer sain et sauf à Mikawa. Par contre, Nobukimi Anayama, qui avait insisté pour prendre une autre route, prétextant que le jeune Hanzō Hattori n'avait aucune idée du détour qu'il leur imposait, n'eut pas cette chance. Capturé par des hommes de son ancien daimyō Katsuyori Takeda, il fut décapité.

Hanzō Hattori eut pour successeur son fils, Masanari Hattori, qui fut nommé Iwami-no-Kami et gardien du Château d'Edo. La réputation de Hanzō Hattori en tant que meneur ninja commandant 200 hommes d'Iga a pris des proportions