La communauté urbaine de Cherbourg ainsi que les élus étaient soucieux de l'avenir de la gare maritime, apparaissait alors divers projets dont un seul retiendra leur attention. C'est ainsi que l'idée d'un Musée Naval intégré d'un sous-marin se concrétisa. Au départ, le projet connu de nombreuses réticences de la part de ses opposants. En effet, ils craignaient d'avoir encore des travaux inachevés dans l'agglomération cherbourgeoise alors que la majorité de la population était fortement favorable au projet qui pouvait dévelloper le secteur économique de la région. La mairie de Cherbourg ouvra une enquête publique au mois de septembre 1998 concernant la demande de permis de construire de la Cité de la Mer car une étude d’impact est rendue obligatoire pour les projets de grande ampleur qui amènent un changement sur le territoire. Ainsi, le dossier était consultable à la mairie par les riverains ainsi que par les habitants qui avaient la possibilité ensuite de poser un recours.

L'association des amis de la gare maritime était inquiète du futur de la gare maritime. En effet, après une examination du projet, ils avaient constaté que « le hall des trains ne sera réhabilité que sur le tiers de sa longueur ». Ils dénonçaient alors une mauvaise gestion de l'espace disponible. L' association s'interrogea aussi sur la proximité du musée ainsi que sur l'installation d'immenses baies qui risquaient de gâcher l'architecture initiale du bâtiment. Gérard Destrais était aussi déçu que le budget ne soit pas mieux réparti pour que les travaux du hall des trains soit fait dans le respect de l'architecture d'origine. Il en a effectivement « marre de voir un tel patrimoine tomber en ruine alors que des sommes énormes sont débloquées pour l'installation du Redoutable et de son musée. » L'association fit aussi des prévisions pessimistes sur le proget : « les premières années peuvent se révéler positives, mais à long terme, le public risque d'afficher une certaine lassitude. »