Les parents d'Anthony, John Kiedis (alias Spider, et aujourd'hui Blackie Dammet) et Margaret Idema (alias Peggy) divorcent en 1968. Anthony vit avec sa mère dans le Michigan jusqu'à l'âge de 11 ans, puis en Californie avec son père, acteur à Los Angeles. Il a deux demi-sœurs, Julie et Jenny, et un demi-frère, James. Selon son autobiographie Scar Tissue, il a des ancêtres lituaniens (d'où son nom), amérindiens, irlandais, français, néerlandais, et grecs[1].

C'est en fréquentant le lycée Fairfax qu'il rencontre le bassiste Flea et l'ancien guitariste Hillel Slovak, avec qui il formera son groupe.

Kiedis a connu de nombreux déboires avec la drogue, son père, qui était dealer à l'époque, l'ayant initié dès l'âge de 12 ans. Après la mort par overdose d'Hillel Slovak en 1988, il décide d'arrêter de se droguer mais fait de nombreuses rechutes. Ce n'est qu'en 2000, après une énième cure de désintoxication, qu'il arrête définitivement. Il a admis avoir été tenté à plusieurs reprises mais a reconnu que son chien Buster (ainsi nommé en référence à l'acteur Buster Keaton) l'a beaucoup aidé à résister (car ce dernier ne l'avait jamais vu sous l'emprise de la drogue).

Publiée en 2004, traduite en français en mars 2007, son autobiographie, Scar Tissue, relate sa vie de son enfance rebelle à sa consécration de star du rock.

Anthony a vécu près de Los Angeles avec sa petite amie, Heather Christie (née le 1er janvier 1986), et leur premier enfant, Everly Bear, né le 2 octobre 2007. Le chanteur s'est expliqué sur l'origine de ce prénom original. Il a choisi «Everly» en hommage à l'un de ses groupes préférés, les Everly Brothers. Sa compagne a quant à elle choisi «Bear» (ours en français)[2]. En Juin 2008, Anthony Kiedis et Heather Christie ont mis fin à leur relation après un peu plus de trois ans de vie commune. Ils vivaient séparément depuis Juin selon les sources du magasine